【Amber】含膜体系MD

一、体系构建

Amber含有识别膜的lipid14、17力场，但本身不支持生成膜，需要用第三方的手段，这里介绍使用CHARMM-GUI构建

1、蛋白文件准备

蛋白质文件是否含有配体无所谓，但必须包含链的信息，氨基酸命名等正常即可

2、构建膜体系

【1】进入CHARMM-GUI

https://charmm-gui.org/

需要注册登陆

【2】进入膜构建页面

右上方选择input generator后进入功能选项，选择Membrane Builder-Bilayer Builder

【3】上传文件并勾选文件类型

【4】根据需求建立膜

建议不要包含配体，后续手动处理配体

到这一步即可，下载step5_assembly.pdb重命名为X.pdb

3、体系处理

1、分子重命名

建立的体系中膜分子的命名Amber无法识别，需要使用Amber自带脚本进行转化

charmmlipid2amber.py -i X.pdb -o X_.pdb

支持转化的分子类型自行查询

2、体系蛋白处理

建立膜体系后的蛋白会存在Amber无法识别的HSD等问题，将其重新命名，并使用pdb4amber处理蛋白部分，膜部分使用pdb4amber会将一个磷脂拆分成三个分子，建议写个小脚本删除

3、生成模拟体系

source leaprc.protein.ff19SB 
source leaprc.water.tip3p
source leaprc.gaff
source leaprc.lipid17
loadamberparams Y.frcmod
loadOff Y.lib
complex = loadpdb X.pdb
check complex
set complex box { 100 100 140 }
saveamberparm complex X_box.prmtop X_box.inpcrd
savepdb complex X_ligs.pdb
savepdb complex _box.pdb
quit

其中周期盒子大小在建立膜时会给出，适当调整大小既可