微生物群落相互作用模型系列------全系列汇总（2022.8.12更新）

微生物群落相互作用建模系列

系列介绍：

一、 本系列主要包含以下内容的文章：

1. 基于动力学方程的简单模拟
2. 基于个体模型（IBM/ABM）适应度与适应性行为的模拟
3. 基于基因组规模代谢网络模型（GMMS）和全基因组水平代谢网络水平的模拟
4. 酶约束网络的代谢相互作用

系列目录

1. 用mond方程研究乳酸菌之间的相互作用方式（4章）
   1）案例–乳酸菌相互作用
   2）文献–构建具有明确相互作用的群落模型–数学模型分析
   3）文献–群落中的简单性组装原则
2. 以个体模型探究群落中进化理论（3章）
   1）文献–自私行为推动群落的进化
   2）文献–群落进化过程中的针锋相对
   3）文献—大肠杆菌的空间竞争
   4）多细胞的空间相互作用模拟
3. 基于多组学信息研究群落中微生物间相互作用网络（待整理）
   1）
   

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0 前言

1. 说明：个体模型（IBM/ABM）是研究群落中相互作用关系领域中正在快速发展的建模技术。随着电脑运算能力的提升以及合成生物学的发展方便人们设计符合目的的微生物同时科学研究对微生物适应性行为有了更深入的积累研究，因此利于个体模型研究群体的相互作用并预测群落随空间演变规律可以帮助我们从单菌的构建向合理群落结构前进。本文分享基于个体模型研究微生物群落的相关工作流程。

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一、什么是个体模型？

1. 个体模型（individual-based model）是以个体微生物的适应度与适应性行为为核心研究不同事件条件下个体行为涌现出群体特征。例如：鱼群中的洄游、固体培养基中微生物形成的菌落特征、群落中生物膜的形成等。
   
   

二、个体模型的构建

三、 个体模型是使用案例

详细案例分析：
https://blog.csdn.net/qq_33980829/article/details/118946198?spm=1001.2014.3001.5501

四、 个体模型的建模软件

1.通用模型

2 . 基于实验要求的自建模型

https://blog.csdn.net/qq_33980829/article/details/118946198?spm=1001.2014.3001.5501