动态环境中乳酸菌共培养---代谢模拟与相互作用--文献分享

最新推荐文章于 2024-08-31 19:14:25 发布

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分类专栏：文献阅读江大学习微生物群落模型的构建

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_33980829/article/details/114712597

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动态环境中乳酸菌共培养-----------代谢模拟与相互作用

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传统食品的发酵过程中多采用开放的自然发酵环境，发酵过程中涉及多种的微生物共同促进发酵过程。不同微生物之间进行着各种相互作用行为。如：捕食关系、偏利、偏害、共生、交叉互样等关系。
目前对特定微生物的个体代谢行为已经有许多可以供使用的技术手段且建立的代谢数据日益丰富，反应类型预测趋势精准。
群落中微生物的产物和种类以及可以通过高通量的技术实现快速的检测。但如何探究群落中微生物之间代谢网络的相互作用，微生物代谢网络在动态环境中的代谢重组等目前还缺少成熟的方案。
个体的代谢行为研究代谢模型可以迁移到探究群落中不同微生物相互作用吗？
纯培养中微生物的代谢通路与共培养过程中有哪些代谢差异？
如何观察/预测不同微生物之间的代谢作用过程？
微生物自身代谢的产生物质如何动态影响代谢行为？

文献地址：Zcan E , Seven M , Irin B , et al. Dynamic co-culture metabolic models reveal the fermentation dynamics, metabolic capacities and interplays of cheese starter cultures[J]. Biotechnology and Bioengineering, 2020(2).
题目：Dynamic co‐culture metabolic models reveal the fermentation dynamics, metabolic capacities and interplays of cheese starter cultures
文献作者所属实验：荷兰瓦赫宁根大学——Systems Biology Lab
发表时间：2020.9
关键词：代谢模型；共培养代谢转变；竞争实验；乳酸菌；乳酸表达；同型发酵与异型发酵； 乳酸解离模型推导

文献选择与奶酪发酵相关四种类型的乳酸菌（Lactococcus lactis subsp. cremoris, Lactococcus lactis subsp. lactis, Streptococcus thermophilus and Leuconostoc mesenteroides）选用的菌种都以进行全基因测序，已有一些现成的代谢模型。
其中有两株为实验团队长期研究的对象，代谢通路相对清晰。

湿实验内容：
- 测量单培养、混合培养过程中不同乳酸菌的代谢表达过程。（生物量变化，葡萄糖消耗、有机酸种类）
- 设置不同糖种类、氨基酸浓度、pH、温度条件下乳酸菌之间的竞争差异。
- 通过q-PCR定量测定不同乳酸菌混合共培养状态下生长数量差异。
干实验内容
- 基于实验使用四种乳酸菌已经报道的代谢通路，建立基因组规模的代谢通路模型（GMMS）(后续博客会详细介绍具体工作流程与相关软件)(本文在matlab 环境中使用COBRA Toolbox)
- 建立动态共培养模型，假设环境中的乳酸是动态变化的分为解离和结合状态。乳酸含量会影响到代谢模型中流量的分布变化。
- 观察模拟过程中各项代谢物质随时间变化。

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不重要
本文核心思路是基于合成微生物群落的共培养实验探究的不同微生物之间的作用规律，基于生物代谢研究过程积累的大量组学知识、通路路径信息、环境中物质浓度影响代谢分布等个体菌种特征探索建立个体与菌落中相互作用的联系。对于传统发酵多菌种的研究具有借鉴意义。

		尚：听说国家线出来了，研究生又要扩招了。
	    董：扩招研究生对我有啥影响？
		尚：你可就是扩招前的211。