R语言如何绘制丰度排序散点图（31）

1.什么是丰度排序散点图？

​ 蛋白定量值特征分析可以通过绘制累积曲线或丰度排序散点图查看。

​ 之前我们介绍了对蛋白定量值从高到低排序后计算累积值，并绘制累积分布图，用于展示每种蛋白质对样本总定量值的贡献，可以较为显著的观察到定量值占比比较高的蛋白数。

​ 那么什么是丰度排序散点图呢？对蛋白定量值从高到低进行排序后画图。可以用来展示鉴定蛋白总数，定量检测数量级范围，以及定量值密集分布程度。

​ 本文我们就来讨论一下丰度排序散点图是如何绘制的以及如何对其进行解读。

2.绘图前的数据准备

demo数据可以在https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/model/ggplot2/AbundanceRanking/demo.xlsx下载。

包含2列数据，第一列为蛋白基因等名称，第二列是定量值等数值信息。

3. R语言怎么画丰度排序散点图

# 绘图思路为先排序，再绘制散点图
library(tidyverse)
library(reshape2)
df = read.delim("https://www.bioladder.cn/shiny/zyp/bioladder2/demoData/intensityPoint/demo.txt")

# 处理数据，排序
df = df %>%
  arrange(desc(intensity)) %>%
  mutate("x" = row_number())

# 绘图
ggplot(df,
       aes(
         x = x,
         y = intensity
       )
)+
  geom_point(color="skyblue")+
  theme_bw()+
  labs(
    x = "Ranked proteins",
    y = "protein abundance"
    
  )+
  scale_y_continuous(breaks = 10^(-100:100), # 调整y轴的坐标轴样式为10^1,10^2...
                     labels = scales::trans_format("log10", scales::math_format(10^.x)),
                     trans="log10")

4.BioLadder生信云平台在线绘制丰度排序散点图

不想写代码？可以用BioLadder生信云平台在线绘制丰度排序散点图。

网址：https://www.bioladder.cn/web/#/chart/52