gplots绘制物种丰度热图

首先绘制一个基本热图

library(gplots)
ge <- read.table("cluster.g.txt",header = T, sep = "\t")
ge <- as.matrix(ge)
heatmap.2(ge,Rowv = TRUE,Colv = TRUE,dendrogram = ("both"),
          distfun = dist,hclustfun = hclust,scale = c("row"),
          na.rm = TRUE)

gplots绘制热图需要输入文件为矩阵形式

Rowv，决定是否和如何对行进行重排序聚类分析，默认为TRUE，此时基于行的平均值进行聚类，如果为NULL或FALSE，则不进行聚类，如果是一个整数的向量，则按照向量的顺序进行重排，Colv对列进行聚类重排，参数与Rowv一致。

dendrogram，决定是否要绘制聚类树状图，参数为none、row、colum和both，分别表示不绘制、只绘制行、只绘制列和行列都绘制。

disfun，计算两个行或两个列之间的距离，默认为dist。

hclustfun，当行或列不进行树状图绘制时，用于进行层次聚类的计算。

scale，规定数值是否要进行中心化以及标尺是否要按照行或列的方向进行调整，默认参数为none，其余参数为row、column&