npt.mdp
title = Protein-ligand complex NPT equilibration #
define = -DPOSRES ; #预处理控制拓扑文件
; Run parameters
integrator = md ; #指定积分算法,md:蛙跳牛顿积分算法,用于平衡动力学积分
nsteps = 50000 ; #积分或能量最小化步数
dt = 0.002 ; #积分步长
; Output control
nstxout = 500 ; #坐标保存到轨迹文件的频率
nstvout = 500 ; #速度保存到轨迹文件的频率
nstenergy = 500 ; #能量保存到轨迹文件的频率,必须是nstcalcenergy的倍数
nstlog = 500 ; # log文件更新频率
energygrps = Protein JZ4 #保存能量的组
; Bond parameters
continuation = yes ; #初试构象不约束,不复位,用于精确的继续计算或重计算
constraint_algorithm = lincs ; #约束算法 lincs :不能用于角度约束
constraints = all-bonds ; #键约束,all-bonds:所有键约束
lincs_iter = 1 ; #迭代次数,用于LINCS约束精度,默认1
lincs_order = 4 ; #约束偶合矩阵阶次,用于LINCS约束精度,默认4
; Neighborsearching
cutoff-scheme = Verlet
ns_type = grid ; #邻近列表搜索方法
nstlist = 10 ; #邻近列表更新频率
rcoulomb = 1.4 ; #短程库伦截断
rvdw = 1.4 ; #短程范德华力截断
; Electrostatics
coulombtype = PME ; #库伦计算方式
pme_order = 4 ; #PME插值,默认4表示3次插值
fourierspacing = 0.16 ; #FFT傅里叶变换格点间距,默认。。。,与PME同时使用
; Temperature coupling
tcoupl = V-rescale ; #指定热耦合方法
tc-grps = Protein_JZ4 Water_and_ions ; #热偶合组
tau_t = 0.1 0.1 ; #热偶合时间常数
ref_t = 300 300 ; #参考温度--恒温值,个数对应组
; Pressure coupling
pcoupl = Parrinello-Rahman ; #指定压力耦合方式 ;Parrinello-Rahman:
pcoupltype = isotropic ; #isotropic:盒子各向同性
tau_p = 2.0 ; #压力耦合时间常数
ref_p = 1.0 ; #参考压力---恒压值,一般为1 bar
compressibility = 4.5e-5 ; #水可压缩性,1 bar300K时为4.5e-5 bar-1
refcoord_scaling = com #
; Periodic boundary conditions
pbc = xyz ; #周期性边界条件;xyz:使用周期性边界条件
; Dispersion correction
DispCorr = EnerPres ; #色散校正
; Velocity generation
gen_vel = no ; #速度生成;no:不生成速度。输入文件没有速度,则为0