gromcas 分析NAMD轨迹文件dcd

gromacs计算rmsd

g_rms -s first_frame.pdb -f protein-only.dcd

-s 参考结构，这里选取轨迹的第一帧。-f 轨迹文件

gromacs计算rmsf

g_rmsf -s first_frame.pdb -f protein-only.dcd

-s 结构文件 -f 轨迹文件

gromacs计算make_ndx

  选择体系的一部分，以便分析 . 采用make_ndx 命令。

    make_ndx -f protein.pdb -o protein.mdx

     > r 1 36 37 72 73 108 （按残基选择，还可按其他方式进行选择）

     > name 15 Terminal （对选择的这部分残基命令）

     > v （查看）

     > q   (退出）

选择多个片段

> ri 27-59 | ri 64-94

Found 498 atoms with resind.+1 in range 27-59

Found 450 atoms with resind.+1 in range 64-94

Merged two groups with OR: 498 450 -> 948

 

 11 r_27-59_r_64-94     :   948 atoms

gromacs计算DCCM--运动相关性

g_covar -f 1ggg-03.dcd -s 1ggg.pdb -xpma

g_covar -s ../pte_wb.pdb -f ../../pte/pte_wb.dcd -o eigenvalues.xvg -v eigenvectors.trr -xpma covapicbackbone.xpm

g_covar -f filtered.xtc -s ../pte_wb.pdb -ascii covar_filt.dat -o eigenvalues_filter.xvg -v eigenvectors_filter.trr -xpma covarpic_filter.xpm

g_anaeig -f ../../pte/pte_wb.dcd -s ../pte_wb.pdb -v eigenvectors.trr -first 1 -last 3 -filt filtered.xtc -proj proj.xvg

xpm2ps -f covara.xpm 转换成PS可读文件--.eps