肿瘤生物信息学相关数据库

综合性肿瘤数据库
TCGA（https://cancergenome.nih.gov/ ）即是综合性肿瘤数据库，关注与癌症的发生和发展相关的分子突变图谱。

肿瘤基因组数据库
COSMIC
网址：https://cancer.sanger.ac.uk/cosmic/
COSMIC是世界上最大最全面的有关肿瘤的体细胞突变以及其影响的资源。主要提供多种肿瘤细胞基因组中的CNA、甲基化、基因融合、SNP及基因表达信息等。主页面分为项目、数据管理、工具、帮助、搜索框等几大块，简洁清晰。

cBioPortal
网址：http://www.cbioportal.org/
cBioPortal网站整合了126个肿瘤基因组研究的数据，包括TCGA和ICGC等大型的肿瘤研究项目，涵盖了两万八千例标本的数据，此外部分样品还包括了临床预后等表型的信息。cBioPortal无需注册就能直接使用，而且提供一些小工具方便用户生成文章级别的图表，非常贴近用户的需求。

UCSC Cancer Genomics Browser
网址：http://genome.ucsc.edu/index.html
UCSC Cancer Genomics Browser是一个整合、可视化、分析癌症基因组学和临床数据的网络分析工具。该平台目前共有355个数据集，包括了来自71870例样本的全基因组数据。
用户可以通过它浏览基因组的任何一部分，并且同时可以得到与该部分有关的基因组注释信息，如已知基因、预测基因、表达序列标签、mRNA、CpG岛，克隆组装间隙和重叠、染色体带型、小鼠同源性等。

ArrayMap
网址：https://arraymap.org/
ArrayMap是由苏黎世大学分子生命科学研究所构建的，提供预处理过的肿瘤基因组芯片数据以及CNA 图谱。arrayMap数据库为高分辨率致癌基因组CNA数据的meta分析和系统级数据集成提供了切入点。
用户可通过关键字搜索自己感兴趣的样本或者搜索特定文献中的样本，并在此基础上分析感兴趣的基因或基因组片段上的CNA 。用户还可以选择两个样本来比较二者的CNA 的差异。

Cancer Hotspots
网址：https://www.cancerhotspots.org/#/home
Cancer Hotspots数据库由Memorial Sloan Kettering癌症中心的Kravis分子肿瘤学中心维护，提供大规模癌症基因组学数据中发现的在统计学上有显著复发突变的信息。
目前，Cancer Hotspots里面包含有24592个肿瘤样品中鉴定的单残基和框内indel突变热点。用户还可按照gene、residue、type、variants等对其内容进行排列查看。

OncoKB
网址：http://oncokb.org/#/
OncoKB是由Memorial Sloan Kettering癌症中心（MSK）维护的全面的精准肿瘤学知识库，包含来自FDA，NCCN或ASCO，ClinicalTrials.gov和科学文献的专业指导方针和建议，治疗策略，肿瘤专家或肿瘤协会共识，参考文献等信息。
OncoKB目前包含有关554种癌症基因特定改变的详细信息，还有1级（FDA批准）、2级（标准护理）的治疗信息，3级临床证据和生物学证据。

肿瘤转录组数据库
ArrayExpress
网址：https://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/
ArrayExpress是欧洲生物信息协会（EMBL-EBI）下属的功能基因组数据库，收集整理基于芯片和测序的基因组学实验的数据，以支持可重复的研究。数据库目前已收集了71416次实验的46.89TB存档数据。
在帮助页面有详细的在线教程，供用户学习如何搜索、提交数据。

Oncomine
网址：https://www.oncomine.org/
Oncomine是大型的肿瘤基因芯片数据库，致力于收集、标准化并分析肿瘤样本的基因表达谱芯片数据。目前，Oncomine 已经收集了来自715 个数据集的86 733 个样本的基因表达数据，可用于分析基因表达差异、预测共表达基因等，并可根据肿瘤分期、分级、组织类型等临床信息进行分类。

CRN
网址：http://syslab4.nchu.edu.tw/
该数据库收录了来自于The Cancer Genome Atlas (TCGA), Sequence Read Archive (SRA) 和 NCBI Gene Expression Omnibus (GEO) 合计89个肿瘤数据集12,167个样品的转录组数据，并且每个肿瘤样品都有对应表型信息（如TNM分型、grade高低、分子分型等），以便于大家针对同一肿瘤不同分型之间进行比较。网站主要包括了三个模块：不同分组差异表达比较、共表达调控网络分析、候选基因表达量查询。

UALCAN
网址：http://ualcan.path.uab.edu/index.html
UALCAN是一个可以快速查找TCGA里面的RNAseq数据，提供基因表达量和生存分析的数据库。