单细胞分析R包monocle3服务器安装教程

单细胞分析R包monocle3服务器安装教程(全程踩坑)
跟着官网教程走，可很多意外发现
运行程序安装BiocManager=3.10版本，必须为该版本，否则会出现问题

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
BiocManager::install(version = "3.10")

经过漫长的等待，终于安装完成。这步还好，没啥比较坑的地方。

接着利用BiocManager安装相应的依赖包，由于这些包的特殊性，所以不要切换到国内Bio_Mirror镜像，否则会找不到，如果一次不成功，缺啥补啥即可。

BiocManager::install(c('BiocGenerics', 'DelayedArray', 'DelayedMatrixStats',
                       'limma', 'S4Vectors', 'SingleCellExperiment',
                       'SummarizedExperiment', 'batchelor', 'Matrix.utils'))

monocle3的安装是通过cole-trapnell-lab安装的，该包挂在github上，需要通过github先安装leidenbase包，需要提前安装devtools包下载工具。

install.packages("devtools")

安装github的R包时，可能提示下载失败，因为网络经常会断流，稍后多试几次即可。

安装过程最大的问题是安装sf依赖包gdal库的依赖问题。由于centos7系统yum只能安装到低版本gdal，而monocle3依赖包需要 gdal>2 版本，从gdal官网下载2.4.4版本编译安装。

如果gdal找不到，则将 /usr/local/lib 追加到 /etc/ld.so.conf.d/libgdal-x86_64.conf 配置文件中。

#echo "/usr/local/lib" >> /etc/ld.so.conf.d/libgdal-x86_64.conf

运行 ldconfig

#ldconfig

但是又会有新的报错，缺乏prog库，通过yum安装prog库即可解决。
确保系统上安装了GEOS、GDAL和PROJ。

#yum install  proj.x86_64 proj-devel.x86_64 proj-epsg.x86_64 proj-nad.x86_64 geos*

安装sf包

install.packages("sf")

经过这么多预备工作，终于到了我们的安装主角monocle3。同样，是利用github安装。

devtools::install_github('cole-trapnell-lab/monocle3')

至此，monocle3安装成功。