单细胞各类细胞常用marker基因

T细胞：CD3D，CD3E，CD4，CD8A，CD8B
还有注意γδT细胞

Treg：CD4，FOXP3

B细胞：CD79A,CD79B

中性粒细胞：FCGR3B,CXCR2

DC细胞：
cDC1（human：XCR1+ CLEC9A+ CD141+）：交叉递呈抗原给CD8+T细胞，
cDC2（CD11b+ SIRPα+ CD1c+）：激活CD4+ T 细胞和CD8+T细胞。
浆细胞样DC （plasmacytoid DC，pDC）（CD123+ CLEC4C+.）

NK细胞：CD56(NCAM1)，CD16(FCGR3A)
人类NK细胞表面标志主要以CD16、CD56来认定。目前多以CD3-、CD16+、CD56+作为NK细胞典型标志。有些文献使用 FGFBP2, FCG3RA, CX3CR1。

巨噬细胞：CD68/CD163等。M1和M2型不太好分，更多marker可以参照赛默飞网站写的说明。https://www.thermofisher.cn/cn/zh/home/life-science/cell-analysis/cell-analysis-learning-center/immunology-at-work/macrophage-cell-overview.html

内皮细胞：VWF，FCN3，DNASE1L3

肥大细胞：TPSAB1 ，TPSB2，CPA3，KIT

免疫细胞：PTPRC (CD45)

上皮细胞：EPCAM

成纤维细胞：FGF7, MME, DCN,LUM, GSN，DCN,ACTA2,FAP,PDGFRA

肌成纤维： MMP11、POSTN、CTHRC1、COL1A1、ACTA2 和 COL3A1
Fibroblasts were identified by their archetypal markers LUM, DCN, VIM, PDGFRA, and COL1A2

HSC(hematopoietic stem cells)：
黑色素肿瘤细胞：
Tumor cells were identified using MLANA, MITF,and DCT. Tumor cells were further divided into subgroups by expression of PRAME and GEP genes(“Single-cell analysis reveals new evolutionary complexity in uveal melanoma”)