qq_36608036的博客

原创 生物信息学python必备包和库

**1.pysam ：处理基因组序列工具，计算 比对 过滤 汇总**2.biopython：可处理多种生物信息学问题，计算分子生物学和生物信息学工具包**3.Dash_bio：开源 Python 库，用于生物信息学和药物开发应用。...

原创 hadoop 2.7.3 版本下载

通过Apache 官方仓库可下载老版本：hadoop 2.7.3附上下载地址：https://archive.apache.org/dist/hadoop/core/hadoop-2.7.3/

转载 图形化桌面环境中的shell脚本编程

图形化桌面环境中的脚本编程2.1 创建文本菜单创建交互式 shell 脚本最常用的方法是使用菜单。提供各种选项可以帮助脚本用户了解脚本能做什么和不能做什么。通常菜单脚本会清空显示区域，然后显示可用的选项列表。用户可以按下与每个选项关联的字母或数字来选择选项。shell 脚本菜单的核心是 case 命令。case 命令会根据用户在菜单上的选择来执行特定命令。2.1.1 创建菜单布局创建菜...

原创 linux中!$,!!,$?,$#等奇怪符号代表什么

!$ 把上一条命令的参数作为标准输入!! 运行最近一次执行的命令$0 这个程式的执行名字$n 这个程式的第n个参数值，n=1…9$* 这个程式的所有参数,此选项参数可超过9个。$# 这个程式的参数个数$$ 这个程式的PID(脚本运行的当前进程ID号)$! 执行上一个背景指令的PID(后台运行的最后一个进程的进程ID号)$? 执行上一个指令的返回值 (显示最后命令的退出状态。0表示没...

转载 120分的转录组试题

原创 参考基因组如何选择

转载 数据挖掘第一期（生物信息）

TP53突变型和TP53野生型BRCA病人的差异分析结果https://mp.weixin.qq.com/s/Phu-MxA0d079HdtBWTHbWg耐药患者组织与敏感的患者组织内的成纤维细胞比较https://mp.weixin.qq.com/s/b4gTPB2Da5x7F8fr9MawkQTCGA数据库中三阴性乳腺癌在亚洲人群中的差异表达https://mp.weixin.qq....

转载 生信人（R、LINUX、RNA-seq习题）

R、LINUX、RNA-seq习题R语言的练习题初级10 个题目，尽量根据参考代码理解及完成：http://www.bio-info-trainee.com/3793.html中级要求是：http://www.bio-info-trainee.com/3750.html高级要求是完成20题： http://www.bio-info-trainee.com/3415.html统计专题 30...

转载 数据挖掘专场第二期（转载自生信技能树）

学徒数据挖掘专场第二期目录如下：热图、韦恩图、GO富集分析图纯R代码实现ssGSEA算法评估肿瘤免疫浸润程度按基因在染色体上的顺序画差异甲基化热图有生物学意义的复杂热图干扰MYC-WWP1通路重新激活PTEN的抑癌活性——3步搞定GSEA分析TCGA正常血液样本中PD-L1与BRCA1和NBS1的表达量相关性本次需要完成的是非主流转录组数据分析图表，主流图表是：表达矩阵的质控及可...

转载 生物信息项目实战

怎么样快速获得项目实战经验有项目实战经验就能更快的上手公司或者课题组的数据分析任务，这也就是为什么招聘方会刻意强调这一点的原因。实际上我在学徒培养过程中，也针对性的设计了实战演练环节，如果你本身就有一点LINUX和R基础，那么毫无疑问，你应该自己抽出十几个小时，完完整整的走一波我的教程，代码在：https://www.jianshu.com/p/49d035b121b8 给学徒的WES数据分...

原创 Python reduce未定义

Python reduce未定义问题：name ‘reduce’ is not defined解决：from functools import reduce原因：在python 3.0.0.0以后, reduce已经不在built-in function里了

转载 linux通配符和正则表达式

linux通配符和正则表达式1、 通配符通配符是shell在做PathnameExpansion时用到的。说白了一般只用于文件名匹配，它是由shell解析的，比如find，ls，cp，mv等。1、1 Shell常见通配符：通配符含义实例匹配 0 或多个字符a*b a与b之间可以有任意长度的任意字符, 也可以一个也没有, 如aabcb, axyzb, a012b, ab。?...

原创 数据科学家必备的python 扩展库

核心库Numpy - 做科学计算最基础的库。针对n维向量及Numpy类型数组，Numpy提供了多种便于提升运算速度的功能http://www.numpy.org/SciPy - Scipy包含了做线性代数、优化、集合与统计等的模块，在Numpy的基础上实现科学计算功能https://www.scipy.org/Pandas - Pandas是一个能快速简单实现数据操作、整合及可视化的工具...

转载 Linux下xargs命令详解

大多数 Linux 命令都会产生输出：文件列表、字符串列表等。但如果要使用其他某个命令并将前一个命令的输出作为参数该怎么办？例如，file 命令显示文件类型（可执行文件、ascii 文本等）；你能处理输出，使其仅显示文件名，目前你希望将这些名称传递给 ls -l 命令以查看时间戳记。xargs 命令就是用来完成此项工作的。他允许你对输出执行其他某些命令。记住下面这个来自于第 1 部分中的语法：例...