windows R语言 生物序列分析（一） 环境安装

1.R（https://cran.r-project.org/bin/windows/base/old/3.6.3/R-3.6.3-win.exe）

为了确保之后的各种包能正常使用，这里使用3.6.3版本，过早或过新一些包都不会支持（比如amplicon）。

其他默认即可。

如果已有Rstudio，但R版本不同，需要切换版本，（比如目前是4.0.3），点击Rstudio菜单栏的Tools->Global Options:

点击General的R version的charge按钮，

选择目标版本，点击ok重启Rstudio即可。

2.Rstudio （https://download1.rstudio.org/desktop/windows/RStudio-1.4.1103.exe）

下载后与第一步的R安装在同一目录下。

3. 数据库

rdp_16s_v16.fa 和silva_16s_v123.fa在http://www.drive5.com/usearch/manual/sintax_downloads.html下载

4.usearch和vsearch：

将下载后的两个exe文件放在某个文件夹内，并在环境变量（此电脑右键->属性->高级系统设置->高级->环境变量）的系统变量->Path中添加刚刚的文件夹路径，比如我将他们放在D盘的Rsearch文件夹下：

点击确定后重启（如果已启动）Rstudio就能够使用。 

5.awk

后续分析所使用的awk命令为Linux命令，windows则需要安装单独的包以实现其功能。

下载链接：https://sourceforge.net/projects/gnuwin32/files/gawk/3.1.6-1/gawk-3.1.6-1-setup.exe/download?use_mirror=jaist&download=?

不用修改直接一步next就行。

注意，在windows中（比如cmd命令），要把awk命令的单引号换成双引号，例如把awk 'NR==FNR{a[$1]=$0}NR>FNR{print a[$1]}' result/raw/otus.sintax temp/otutab.id > result/otus.sintax修改为awk "NR==FNR{a[$1]=$0}NR>FNR{print a[$1]}" result/raw/otus.sintax temp/otutab.id > result/otus.sintax