rdkit 化学反应ReactionFromSmarts

最新推荐文章于 2023-07-17 10:16:05 发布

qq_36801966

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分类专栏： python 文章标签： rdkit ReactionFrom 化学反应模板

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_36801966/article/details/107032730

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本文介绍了如何使用RDKit的ReactionFromSmarts方法来创建化学反应实例，展示了从反应模板到具体反应规则的实现过程，并探讨了化学反应模板的获取方法，包括自动抽取和化学家编码。同时强调在进行化学反应时需要注意产物的化学合理性。

摘要由CSDN通过智能技术生成

RDKit提供化学反应引擎，其中化学反应模板是基于smarts构建。反应物+反应引擎就可以生成产物。

一、引入所需库

#! /usr/bin/python
# coding: utf-8

from rdkit import Chem

from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw

二、化学反应实例

示例反应

rxn = AllChem.ReactionFromSmarts(
    '([Cl;H0;D1;+0:1]-[c;H0;D3;+0:2](:[c:3]):[n;H0;D2;+0:4]:[c:5])>>(C-[n;H0;D3;+0:4](:[c:5]):[c;H0;D3;+0:2](=O):[c:3]).(Cl-P(-Cl)(=O)-[Cl;H0;D1;+0:1])')
img = Draw.ReactionToImage(
    rxn
)
img.save(
    '/Users/zeoy/st/drug_development/st_rdcit/img/mol31.jpg'
)

反应模板如下图所示：
在这里插入图片描述

从反应模板中，我们看到主要的变化是Cl变成羰基氧，N上多了一个甲基

注：这是一个逆反应模板

反应物如下图所示：

mol = Chem.MolFromSmiles(
    'CC(C)(Nc1nc(Cl)c(-c2ccc(F)cc2)c(-c2ccncc2)n1)c1ccccc1')
Draw.MolToImageFile(
    mol,
    "/Users/zeoy/st/drug_development/st_rdcit/img/mol32.jpg",
    size=