在化学反应中保护原子
本文是化学反应的进阶操作,关于使用rdkit进行化学反应的操作可以参考这篇文章。有时在使用rxn文件时,很难准确表达或全面考虑到每个细节,导致不需要的原子发生反应,并产生副产物。而rdkit也提供了保护原子的操作,避免不需要的原子参与到反应中。还是以形成酰胺键为例。
1.rxn文件创建反应
- 通过rxn文件创建一个反应模式:ReactionFromRxnFile()
- 检查一下该反应:ReactionToImage()
>>> import os
>>> from rdkit import Chem
>>> from rdkit.Chem import AllChem as Chem
>>> from rdkit import RDConfig
>>> rxn_file = os.path.join(RDConfig.RDDocsDir, 'Book\data\AmideBond.rxn')
>>> rxn