描述:
- LAMMPS是一个非常灵活和可定制的分子动力学引擎。Moltemplate是一个通用的跨平台基于文本的lamp分子构建器。Moltemplate旨在构建定制的粗粒度分子模型,但它也可以用于准备真实的全原子模拟。它支持ATB分子数据库,以及各种现有的力场和模型,包括:OPLS, AMBER (GAFF,GAFF2), DREIDING, COMPASS, LOPLS (2015), EFF, TraPPE (1998), MOLC, mW, ELBA (water), oxDNA2。然而,它可以使用LAMMPS中可用的任何力场(和原子样式)来构建分子,包括通过修改LAMMPS源代码创建的新力场。(注意:必须仔细选择原子类型。Moltemplate不支持原子分型,不适合全原子蛋白质模拟。)分子可以被复制、组合和连接在一起,作为构建块来定义新的分子(层次结构)。一旦建立,单个的分子和亚基可以定制(原子、键和亚基可以移动和删除)。Moltemplate目前可与:VMD, PACKMOL, OVITO, CellPACK, VIPSTER, EMC和OpenBabel(通过使用ltemplify.py DATA->LT转换器)互操作。
用法
moltemplate.sh [-atomstyle style] [-pdb/-xyz coord_file] [-a assignments.txt] [-vmd] file.lt
典型用法:
一个包含分子定义的lt文件可以使用moltemplate.sh转换为LAMMPS输入文件:
一个包含分子定义的lt文件可以使用moltemplate.sh转换为LAMMPS输入文件:
或者
moltemplate.sh -xyz coords.xyz -atomstyle "full" -vmd system.lt
这两个命令都将构造一个LAMMPS数据文件和一个LAMMPS输入脚本(可能还有一个或多个辅助输入文件),这些脚本可以直接在LAMMPS中运行,只需进行最少的编辑。
在第一个例子中,系统中的原子坐标是根据“系统”中的命令构建的。lt”文件。在第二个示例中,原子的坐标是从xyz文件中读取的,然后调用VMD来可视化刚刚创建的系统。(也支持pdb文件和简单的3列坐标文件。本例中使用了“full”原子样式,这也是默认的。不过也支持其他LAMMPS原子样式,包括用引号括起来的混合样式表。)
现有的LAMMPS输入/数据文件可以使用“ltemplify.py”工具转换成moltemplate(“.lt”)格式。
Moltemplate需要Bourne-shell和python的最新版本(2.7或3.0或更高版本),可以在OS X、linux或windows上运行(如果安装了合适的shell环境)。大量的内存。(每100万个原子需要3到12 GB的RAM。)