【LAMMPS学习】八、基础知识(6.4)Moltemplate​​​​​​​教程

8. 基础知识

此部分描述了如何使用 LAMMPS 为用户和开发人员执行各种任务。术语表页面还列出了 MD 术语，以及相应 LAMMPS 手册页的链接。 LAMMPS 源代码分发的 examples 目录中包含的示例输入脚本以及示例脚本页面上突出显示的示例输入脚本还展示了如何设置和运行各种模拟。

8.1.通用基础知识

8.2. 设置入门

8.3. 分析入门

8.4. 力场入门

8.5. 软件包入门

8.6.操作教程

8.6.1.将 CMake 与 LAMMPS 结合使用

8.6.2. LAMMPS GitHub 教程

8.6.3.使用 LAMMPS GUI

8.6.4.Moltemplate教程

在本教程中，我们将使用Moltemplate  工具通过OPLS-AA force field建立经典分子动力学模拟。第一个任务是描述有机化合物并为 LAMMPS 创建完整的输入平台。第二个任务是将 OPLS-AA 力场映射到使用外部工具创建的分子样本，例如PACKMOL，并导出为 PDB 文件。本教程中使用的文件可以在 LAMMPS 源代码分发的 tools/moltemplate/tutorial-files 文件夹中找到。

模拟有机溶剂 

此示例旨在创建有机溶剂甲酰胺的立方体盒子。

第一步是以 LAMMPS 模板 (LT) 文件格式创建代表单个分子的分子拓扑，该文件将存储在名为 _FAM inherits OPLSAA {} 的 Moltemplate 对象中。此命令指出对象 _FAM 基于名为 OPLSAA 的现有对象，其中包含 OPLS-AA 参数、原子类型定义、部分电荷、质量和键角规则。有机和生物化合物。

原子结构是填充命令 write('Data Atoms') {} 的起点，该命令将在 LAMMPS 数据文件中写入 Atoms 部分。 OPLS-AA 力场使用 atom_style full ，因此使用此列格式： # atomID molID atomType charge coordX coordY coordZ 。 atomID 替换为 Moltemplate $ 类型变量，然后替换为唯一的数字 ID。相同的逻辑适用于 molID ，只是相同的变量用于整个分子。原子类型使用 @ 类型变量分配。原子类型的分配（例如 @atom:177 、 @atom:178 ）是使用文件 oplsaa.lt 的“In Charges”部分中定义的 OPLS-AA 原子类型完成的，寻找与原子描述的合理匹配。生成的文件 ( formamide.lt ) 如下：

_FAM inherits OPLSAA {

  # atomID    molID  atomType  charge  coordX  coordY  coordZ
  write('Data Atom