分子间相互作用力——氢键，卤键，硫键，π-π堆积，盐桥，阳离子-π，疏水作用力

最新推荐文章于 2025-02-19 10:44:38 发布
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分子间相互作用力——氢键，卤键，硫键，π-π堆积，盐桥，阳离子-π，疏水作用力


理解分子间相互作用力的重要性

  • 解释构效关系
  • 提供先导化合物优化 / 分子构造思路
  • 辅助发展打分函数

氢键

定义：与N,O,F等强电负性元素相连的氢与富电子基团所形成的吸引作用。一般形式为 D − H D-H D−H
在这里插入图片描述
一般来说，D为N,O,F为典型的氢键，其他的（C、S、Cl、P甚至Br和I原子在某些情况下也能形成氢键）为非典型的氢键。X的电负性要大于氢。

卤键

氢键： D − H ⋅ ⋅ ⋅ A D-H···A D−H⋅⋅⋅A
卤键： D − X ⋅ ⋅ ⋅ A D-X···A D−X⋅⋅⋅A
D代表的电子给体（可以是原子、原子团、分子），即Lewis碱，它们将电子提供给显正电性的氢原子或卤原子。相比氢键，卤键具有显著的方向性。
卤键的各项异性

硫键

二硫键在一些蛋白质的折叠及稳定性占有重要的地位。蛋白质的二硫键是在半胱氨酸残基的硫醇之间形成，其他含有硫的氨基酸——蛋氨酸就不能形成二硫键。
在这里插入图片描述上图中，共价键反向延长方向存在σ-hole（分子静电式表面）
σ-hole存在于卤素原子X的头部，R-X，x本身带负电，但是其头部由于电子的缺少，会有一个正电荷区域。
在这里插入图片描述

π-π堆积

定义：π-π堆积是芳香化合物的一种特殊空间排布，指一种常常发生在芳香环之间的弱相互作用，通常存在于相对富电子和缺电子的两个分子之间，是一种与氢键同样重要的非共价键相互作用。
在这里插入图片描述注：堆积对象不局限在芳环中，对其他共轭体系也适用。如胍基、酰胺、碳碳双键等。

阳离子-π

共轭体系与阳离子之间的相互作用。
在这里插入图片描述

疏水作用

疏水作用是指水介质中球状蛋白质的折叠总是倾向于把疏水残基埋藏在分子内部的现象。
也可以说，相互作用双方结合过程中去溶剂化释放结合水引起的熵增，所带来的自由能 的变化。
在这里插入图片描述

盐桥

带异种电荷基团之间的吸引作用，也可视为离子键，
如 L y s — — N + H 3 Lys ——N^+ H_3 Lys——N+H3​ ······ − O O C — — G l u ^- OOC——Glu −OOC——Glu

分子间相互作用——偶极作用dipolar-dopolar interaction
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非共价相互作用在所有类型的π系统中都很常见，例如π-π相互作用，长程/短程范德华相互作用，离子-π相互作用等。从头算式已经很好地建立了，并很好地说明了这一点。小分子芳族分子的实验性长程相互作用能，大部分计算是使用MPn方法进行的。 如果使用相当大的基集来计算芳香分子簇（二聚体，三聚体等）的堆积相互作用能，则可以正确计算电子-电子相关能。 此外，对芳香族π系统的从头算计算表明，计算出的堆积相互作用能高度依赖于所用的基集和电子相关能。 在这项研究中，堆叠的水合苯酚系统的电子相关性已在MP2的计算水平上得到了考虑。 我们计算了具有不同构象的水合酚醛系统的π-π堆积相互作用能。
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利用pymol画出ΠΠ堆叠效果图以及距离： 在这之前要在pymol下面放一个名为center_of_mass.py的脚本，或者复制下面命令行保存成center_of_mass.py也可以。 关于放脚本的文件夹：我是用conda安装python38环境，center_of_mass.py放到 path\anaconda\envs\python38\Lib 下即可 ''' See more here: http://www.pymolwiki.org/index.php/center_of_mass DESC
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react hooks 详解
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React Hooks 是 React 16.8 中新增的特性，它可以让你在函数组件中使用 state、生命周期钩子等 React 特性。使用 Hooks 可以让你写出更简洁、可复用且易于测试的代码。 React Hooks 提供了一系列的 Hook 函数，包括 useState、useEffect、useContext、useReducer、useCallback、useMemo、useRef、useImperativeHandle、useLayoutEffect 和 useDebugValue。每个 Hook 都有特定的用途，可以帮助你处理不同的问题。 下面是 React Hooks 的一些常用 Hook 函数： 1. useState useState 是最常用的 Hook 之一，它可以让你在函数组件中使用 state。useState 接受一个初始状态值，并返回一个数组，数组的第一个值是当前 state 值，第二个值是更新 state 值的函数。 ``` const [count, setCount] = useState(0); ``` 2. useEffect useEffect 可以让你在组件渲染后执行一些副作用操作，比如订阅事件、异步请求数据等。useEffect 接受两个参数，第一个参数是一个回调函数，第二个参数是一个数组，用于控制 useEffect 的执行时机。 ``` useEffect(() => { // 这里可以执行副作用操作 }, [dependencies]); ``` 3. useContext useContext 可以让你在组件树中获取 context 的值。它接受一个 context 对象，并返回该 context 的当前值。 ``` const value = useContext(MyContext); ``` 4. useRef useRef 可以让你在组件之间共享一个可变的引用。它返回一个对象，该对象的 current 属性可以存储任何值，并在组件的生命周期中保持不变。 ``` const ref = useRef(initialValue); ref.current = value; ``` 5. useCallback useCallback 可以让你缓存一个函数，以避免在每次渲染时都创建一个新的函数实例。它接受一个回调函数和一个依赖数组，并返回一个 memoized 的回调函数。 ``` const memoizedCallback = useCallback(() => { // 这里是回调函数的逻辑 }, [dependencies]); ``` 6. useMemo useMemo 可以让你缓存一个计算结果，以避免在每次渲染时都重新计算。它接受一个计算函数和一个依赖数组，并返回一个 memoized 的计算结果。 ``` const memoizedValue = useMemo(() => computeExpensiveValue(a, b), [a, b]); ``` 以上就是 React Hooks 的一些常用 Hook 函数，它们可以帮助你更好地处理组件状态、副作用、上下文和性能优化等问题。
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