Biomedical images dataset(5 renal page)

Note: 

生理学大小&位置：

约长10-12厘米、宽5-6厘米、厚3-4厘米、重120-150克；因右肾上方有肝脏，所以右肾较低于左肾，另外左肾比右肾大，肾纵轴上端向内、下端向外，因此两肾上极相距较近，下极较远，肾纵轴与脊柱所成角度为30度左右。 

Strcture of kidney

肾实质可分为肾皮质和肾髓质两部分。

1．肾皮质：位于浅层，血管丰富，伸入髓质肾锥体之间的部分称肾柱。

2．肾髓质：肾髓质位于深部，由15～20个肾锥体构成 肾锥体的基底朝向皮质；尖端圆钝，朝向肾窦，称肾乳头，2-3个肾锥体合成一个肾乳头 肾乳头顶端有乳头孔，肾形成的尿液由乳头孔流入肾小盏内。肾小盏呈漏斗状，有7～8个 ，包绕肾乳头。2～3个肾小盏合成1个肾大盏。2～3个肾大盏汇合形成肾盂。肾盂呈前后扁平的漏斗状 出肾门后向下弯曲变细，移行为输尿管。

影像学位置：

Dataset:

C4KC-KiTS19

与MICCAI19合办；可靠的肾脏和肾脏肿瘤语义分割；open on github

数据集：共300例CT （10-18） in NIFTI，接受部分或彻底肾切除术的独特肾癌患者的动脉期腹部CT扫描生成了ground truth。其中210例训练，90例test。

注：数据标注是医学学生临床医师的指导下进行的，在过程掺杂了简单线性插值。fat标签的划分源于高斯模糊和阈值分割。more details in 数据说明

CHAOS - Combined (CT-MR) Healthy Abdominal Organ Segmentation Challenge Data

联合（CT-MR）健康腹部器官分割（CHAOS）挑战的训练和测试数据集；open（需申请）

aim 1: 从CT数据集中进行肝脏分割，这些数据是在注射造影剂后在门脉期获取的，用于预先评估活体捐赠的肝移植供体。

aim 2: 从以T1和T2w的MRI数据集中分割四个腹部器官（即肝，脾，右肾和左肾）。

数据集：Data in dcm. CT 40例，MRI共120套，T1 2套/例，T2w 1套/例。train 15例 890M；test  25 例 1.1G.

Kidney_Segmentation_from_Abdominal_Diffusion_MRI（18）

文章；在弥散加权MRI（DW-MRI）中从周围的腹部结构中自动更准确地分割肾脏；open

US simulation & segmentation

数据集：两种腹部超声图像数据集：一种基于CycleGAN生成的模拟超声图像；一种真实采集的超声图像。其中真实数据来自于11名被试，包括617次超声扫描。腹部器官手动注释包括肝脏，肾脏，胆囊，脾脏和血管。

Radiopaedia-renal

数据集：掺杂了许多No description的cases，尚需进一步筛选，可参考；open

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Else dataset：

Data for glomeruli characterization in histopathological images

组织病理学图像中肾小球表征的数据集；open

数据集：由两个数据集组成：1.）DATASET_A：具有31个完整幻灯片图像（WSI）的原始数据 in SVS。 WSI的大小范围为21651x10498像素和20x采集的49799 x 32359像素。 图像包含特定算法[https://doi.org/10.1016/j.cmpb.2019.105273]检测到的不同类型的肾小球。 检测到的肾小球位于DATASET_B中。 2.）DATASET_B：2,340张图像 in .png，其中包含单个肾小球，1,170个正常肾小球和1,170个硬化肾小球

DeepLesion dataset

大规模的病变图像数据集；包含来自10,594项研究的4,427名独特患者的32,120个CT切片上的32,735个病灶 in .png；为探讨深部病变的类型，随机选取了9816个病灶，人工标记为肺2426个，腹部2166个，纵隔1638个，肝脏1318个，骨盆869个，软组织677个，肾脏490个，骨232个；open

Orbit Image Analysis: an open-source whole slide image analysis tool

一篇介绍Orbit软件的文章；用于肾脏组织上肾小球分割的WSI数据集；open

数据集：共88张图像。58train；32test（数量不匹配？）用于Orbit的肾小球分割model。

注：Orbit, a very versatile image analysis software.

Model weights for Lymphoid Aggregates Segmentation (in Pytorch 1.0.1)

介绍了第一种自动识别淋巴聚集物（LA）并在移植肾活检的WSI图像中测量其密度的自动化方法；open

数据集：110M。train: 44个核心针状肾活检slides; valid: 7slides; test: 10 slides

TCGA-KICH

癌症基因组图谱肾脏染色体数据集；旨在通过提供与癌症基因组图谱（TCGA）受试者相匹配的临床图像，将癌症表型与基因型联系起来；open

数据集：（无标注）

TCGA-KIRC

癌症基因组图谱肾脏肾脏透明细胞癌数据集；目的同上；open

数据集：（无标注）

TCGA-KIRP

癌症基因组图谱宫颈肾肾乳头状细胞癌数据集；open

数据集：（无标注）

CPTAC-CCRCC

美国国家癌症研究所临床蛋白质组学肿瘤分析联合会（CPTAC）透明细胞肾细胞癌（CCRCC）数据集；open

数据集：（无标注）