【Medical Images-1】医学图像中常见的数据格式

【Medical Images-1】医学图像中常见的数据格式

医学图像是一个比较热门的话题，并且也是我个人比较感兴趣的一个方向。我们这边设置一个专栏，主要用来阐述医学图像中常见的深度学习方法，前面主要围绕2d图像来展开，后面则主要围绕3d图像来展开，方向方面我们主要侧重于对图像的分割。
这里是关于设备方面的常识：https://oncol.dxy.cn/article/667161

OK，今天我们来看的医学图像处理中常见的数据格式。医学图像常见的数据格式多种多样，每种格式都有其特定的应用场景和优势。以下是一些常见的医学图像数据格式：

1. DICOM（Digital Imaging and Communications in Medicine）

• 简介：DICOM是医学影像领域最常用的标准之一，主要用于存储、交换和检索医学图像，如X光片、CT扫描、MRI等。每个DICOM文件通常包含基本的病人信息（如病人ID、姓名、检查日期等）以及图像信息（如像素数据、图像纬度等）。
• 特点：DICOM格式定义了满足临床需要的用于数据交换的医学图像格式，被广泛应用于放射、成像等诊疗诊断设备。

2. NifTI（Neuroimaging Informatics Technology Initiative）

• 简介：NifTI格式主要为神经影像学设计，用于存储和交换神经影像学数据。每个NifTi文件包含一个头文件(.hdr)和一个图像文件(.img)。
• 特点：NifTi文件包含丰富的元信息，如维度、像素大小等，并支持三维图像建模，更适合应用于DICOM数据上的机器学习方法。

3. TIFF（Tagged Image File Format）

• 简介：TIFF是一种用于存储和交换光栅图像的标准格式，广泛应用于桌面出版、扫描和其他领域。
• 特点：TIFF文件可以包含多页图像、多通道（如RGB）、压缩数据等，支持无损压缩和有损压缩。

4. 其他常见格式

• PAR/REC：由宾夕法尼亚大学开发的核磁共振成像（MRI）格式，包含病人信息和图像数据。
• ANALYZE：由美国Analyze网站开发的格式，用于存储医学影像数据，如CT和MRI图像，在神经影像学领域得到广泛应用。
• NRRD（N-Dimensional Raster Data）：神经影像学领域常用的格式，支持多维图像的存储和交换。
• MINC（Minium Interval Encoding of Connected Raster Data）：最初为心脏影像学研究开发，支持多维图像的存储和交换，并包含元数据。

5. VTK相关格式

• VTI（VTK XML Image Data）：可视化工具包(VTK)的图像格式，带有嵌入二进制数据的XML语法，非常灵活，可以代表在同一文件的多个标量/矢量/张量数据。
• VTP（VTK XML PolyData）：VTK的表示表面的数据格式，同样带有嵌入二进制数据的XML语法。
• VTU（VTK XML Unstructured Grid）：VTK为网格格式，支持非结构化数据的存储。

6. 其他格式

• JPEG、PNG、BMP：这些格式虽然不是专为医学图像设计，但在医疗领域也有应用，如用于存储数字X光片和CT扫描图像。JPEG是一种广泛使用的压缩图像格式，适用于在医疗设备（如内窥镜、显微镜等）中获取的图像；PNG是一种无损压缩的位图图像格式，支持透明度，适合在网页中使用；BMP是微软公司开发的一种图像格式，通常用于Windows操作系统的标准图像文件格式。

医学图像的数据格式多种多样，每种格式都有其独特的应用场景和优势。在实际应用中，应根据具体需求选择合适的格式。

有的时候DICOM和NII格式的数据我们会首先通过切片的方式将图像转化为2d的图像，然后使用2d图像分割的方式来处理3d的图像，关于这方面的脚本将会在后面进行更新。