centos7源码编译安装rdkit加python3接口调用

本文介绍了如何在CentOS7上通过源码编译安装RDKit,并解决Python3调用RDKit接口时遇到的问题。首先尝试使用Anaconda安装,但由于网络问题无法完成。然后,详细步骤地讲述了源码编译过程,包括安装依赖库如boost,并解决了因boost版本过低导致的导入错误。最终成功在Python3环境中使用RDKit。
摘要由CSDN通过智能技术生成

RDKit是一款开源化学信息学与机器学习工具包,提供C++和Python的API接口,由于工作需要,最近需要在服务器上安装rdkit,折腾了两天左右,分享于此,以免后来人误坑:

anaconda安装

首先按照官方的安装教程:Installation,尝试用anaconda安装(官方说是最快的安装方法),结果很多包下载不下来,一直无法响应。把anaconda镜像源改成国内的清华源,大部分包能下载下来,但是rdkit和另外一个包还是得需要访问国外主服务器,一直无法响应,放弃这条路径。

源码编译

源码编译需要安装很多依赖库,仔细看官方说明 Installtion 以及 linux系统RDKit的安装方法,缺啥装啥,此处特别说一下boost库。centos7上安装boost库用yum install -y boost-devel,接下来源码编译rdkit,能编译成功,但是在python3里import rdkit报错:

>>> import rdkit
Traceback (most recent call last):
  File "<stdin>", line 1, in <module>
  File "/opt/rdkit/r

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