Autodock蛋白配体对接主要包括两部分:一是蛋白和小分子配体的预处理。二是蛋白和配体对接。其详细步骤及注意事项如下。
一、蛋白和配体预处理
1.小分子预处理:
1.1 下载:ZINC或TCMSP官网下载小分子mol2格式,用pymol打开保存为.pdb格式。
1.2 预处理:使用autodock预处理小分子。步骤:读入小分子:Autodock→file→read molecule (导入小分子pdb文件);加氢:edit→hydrogens→add;计算电荷:edit→charge→compute gasteiger;指定为对接小分子:ligand→input→choose→选中小分子-select molecule for autodock4;Ligand-torsion tree →detect root-torsion tree→choose torsions-done。
1.3 输出:ligand→output→save as pdbqt。
2.大分子预处理
2.1 下载:使用PDB数据库官网下载蛋白PDB结构。关于PDB结构的选取应根据研究目的、PDB数据库中小分子类型与要研究小分子类型的相似情况、以往文献等为依据进行选择。
2.2 pymol预处理:使用pymol去除蛋白溶剂分子及杂分子:点击S按钮,选中要去除的分子单击鼠标右键选择remove。处理后的蛋白保存为.pdb格式导出。
2.3 autodock预处理:读入蛋白:Autodock→file→read molecule (导入蛋白pdb文件);加氢:edit→hydrogens→add;计算电荷:edit→charge→compute gasteiger。
2.4 导出:grid→choose(选中蛋白大分子)→select molecule(自动弹出保存格式,需手动加后缀.pdbqt)
2.5 清空autodock界面,删除蛋白及小分子为对接做准备:Edit→delete→ delete all molecules。
二、正式对接
1.设置对接盒子并运行
1.1 打开蛋白pdbqt结构:grid→macromolecule→open→蛋白pdbqt文件
1.2 打开小分子pdbqt结构:grid→set man types→open ligand→小分子pdbqt文件
1.3 设置盒子大小:grid→grid box (根据原pdb参考对接口袋位置或文献报道位置或全选)→设置盒子后点击file-close saving current
1.4 保存文件:grid→output→save GPF(需加后缀名字,此处为.gpf)
1.5 运行:run→run autogrid(系统会自动识别gpf文件,重选后可自动识别填充输出格式,输出格式为.glg)→launch
2 设置对接参数并运行
2.1 选择蛋白大分子:docking→macromolecule→set rigid filename
2.2 选择对接小分子:docking→ligand→open/choose→对接小分子→accept
2.3 设置运行算法:docking→search parameters→genetic algonthm(精确)、local search parameters(速度快,欠精确)
对接参数:docking→docking parameters→弹出的框选默认
2.4 导出:docking→output→根据之前选的算法进行导出,如之前选的local search parameters,这里选local search(导出文件加后缀名,这里是.dpf)
2.5 运行:run→run autodock→选dpf文件,重选后可自动识别填充输出格式,输出格式为.dlg文件→launch
三、分析结果
导入dlg文件:Analyze→docking→open→dlg文件
2.加蛋白:analyze→macromolecule→open
3.分析:analyze→conformations→play,ranked by energy
4.导出结果:write complex(加后缀.pdbqt)
四、对接注意事项
1.修改工作路径。工作目录中需要有adt.、autodock4、autogrid4、对接蛋白及小分子。
2.工作路径中不能有中文汉字,不能有空格。
3.对接时小分子需要在对接盒子外。点击DejaVu GUI按钮,选中小分子,点击preferences,取消勾选,长按鼠标右键拖动小分子至盒子外。然后点击preferences重新勾选。