Autodock分子对接详细步骤

Autodock蛋白配体对接主要包括两部分:一是蛋白和小分子配体的预处理。二是蛋白和配体对接。其详细步骤及注意事项如下。

一、蛋白和配体预处理

1.小分子预处理:

1.1 下载:ZINC或TCMSP官网下载小分子mol2格式,用pymol打开保存为.pdb格式。

1.2 预处理:使用autodock预处理小分子。步骤:读入小分子:Autodock→file→read molecule (导入小分子pdb文件);加氢:edit→hydrogens→add;计算电荷:edit→charge→compute gasteiger;指定为对接小分子:ligand→input→choose→选中小分子-select molecule for autodock4;Ligand-torsion tree →detect root-torsion tree→choose torsions-done。

1.3 输出:ligand→output→save as pdbqt。

2.大分子预处理

2.1 下载:使用PDB数据库官网下载蛋白PDB结构。关于PDB结构的选取应根据研究目的、PDB数据库中小分子类型与要研究小分子类型的相似情况、以往文献等为依据进行选择。

2.2 pymol预处理:使用pymol去除蛋白溶剂分子及杂分子:点击S按钮,选中要去除的分子单击鼠标右键选择remove。处理后的蛋白保存为.pdb格式导出。

2.3 autodock预处理:读入蛋白:Autodock→file→read molecule (导入蛋白pdb文件);加氢:edit→hydrogens→add;计算电荷:edit→charge→compute gasteiger。

2.4 导出:grid→choose(选中蛋白大分子)→select molecule(自动弹出保存格式,需手动加后缀.pdbqt)

2.5 清空autodock界面,删除蛋白及小分子为对接做准备:Edit→delete→ delete all molecules。

二、正式对接

1.设置对接盒子并运行

1.1 打开蛋白pdbqt结构:grid→macromolecule→open→蛋白pdbqt文件

1.2 打开小分子pdbqt结构:grid→set man types→open ligand→小分子pdbqt文件

1.3 设置盒子大小:grid→grid box (根据原pdb参考对接口袋位置或文献报道位置或全选)→设置盒子后点击file-close saving current

1.4 保存文件:grid→output→save GPF(需加后缀名字,此处为.gpf)

1.5 运行:run→run autogrid(系统会自动识别gpf文件,重选后可自动识别填充输出格式,输出格式为.glg)→launch

2 设置对接参数并运行

2.1 选择蛋白大分子:docking→macromolecule→set rigid filename

2.2 选择对接小分子:docking→ligand→open/choose→对接小分子→accept

2.3 设置运行算法:docking→search parameters→genetic algonthm(精确)、local search parameters(速度快,欠精确)

对接参数:docking→docking parameters→弹出的框选默认

2.4 导出:docking→output→根据之前选的算法进行导出,如之前选的local search parameters,这里选local search(导出文件加后缀名,这里是.dpf)

2.5 运行:run→run autodock→选dpf文件,重选后可自动识别填充输出格式,输出格式为.dlg文件→launch

三、分析结果

导入dlg文件:Analyze→docking→open→dlg文件
2.加蛋白:analyze→macromolecule→open

3.分析:analyze→conformations→play,ranked by energy

4.导出结果:write complex(加后缀.pdbqt)

四、对接注意事项

1.修改工作路径。工作目录中需要有adt.、autodock4、autogrid4、对接蛋白及小分子。

2.工作路径中不能有中文汉字,不能有空格。

3.对接时小分子需要在对接盒子外。点击DejaVu GUI按钮,选中小分子,点击preferences,取消勾选,长按鼠标右键拖动小分子至盒子外。然后点击preferences重新勾选。

### 关于ArcGIS License Server无法启动的解决方案 当遇到ArcGIS License Server无法启动的情况,可以从以下几个方面排查并解决问题: #### 1. **检查网络配置** 确保License Server所在的计算机能够被其他客户端正常访问。如果是在局域网环境中部署了ArcGIS Server Local,则需要确认该环境下的网络设置是否允许远程连接AO组件[^1]。 #### 2. **验证服务状态** 检查ArcGIS Server Object Manager (SOM) 的运行情况。通常情况下,在Host SOM机器上需将此服务更改为由本地系统账户登录,并重启相关服务来恢复其正常工作流程[^2]。 #### 3. **审查日志文件** 查看ArcGIS License Manager的日志记录,寻找任何可能指示错误原因的信息。这些日志可以帮助识别具体是什么阻止了许可服务器的成功初始化。 #### 4. **权限问题** 确认用于启动ArcGIS License Server的服务账号具有足够的权限执行所需操作。这包括但不限于读取/写入特定目录的权利以及与其他必要进程通信的能力。 #### 5. **软件版本兼容性** 保证所使用的ArcGIS产品及其依赖项之间存在良好的版本匹配度。不一致可能会导致意外行为完全失败激活license server的功能。 #### 示例代码片段:修改服务登录身份 以下是更改Windows服务登录凭据的一个简单PowerShell脚本例子: ```powershell $serviceName = "ArcGISServerObjectManager" $newUsername = ".\LocalSystemUser" # 替换为实际用户名 $newPassword = ConvertTo-SecureString "" -AsPlainText -Force Set-Service -Name $serviceName -StartupType Automatic New-ServiceCredential -ServiceName $serviceName -Account $newUsername -Password $newPassword Restart-Service -Name $serviceName ``` 上述脚本仅作为示范用途,请依据实际情况调整参数值后再实施。 --- ###
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