Autodock分子对接详细步骤

Autodock蛋白配体对接主要包括两部分：一是蛋白和小分子配体的预处理。二是蛋白和配体对接。其详细步骤及注意事项如下。

一、蛋白和配体预处理

1.小分子预处理：

1.1 下载：ZINC或TCMSP官网下载小分子mol2格式，用pymol打开保存为.pdb格式。

1.2 预处理：使用autodock预处理小分子。步骤：读入小分子：Autodock→file→read molecule (导入小分子pdb文件)；加氢：edit→hydrogens→add；计算电荷：edit→charge→compute gasteiger；指定为对接小分子：ligand→input→choose→选中小分子-select molecule for autodock4；Ligand-torsion tree →detect root-torsion tree→choose torsions-done。

1.3 输出：ligand→output→save as pdbqt。

2.大分子预处理

2.1 下载：使用PDB数据库官网下载蛋白PDB结构。关于PDB结构的选取应根据研究目的、PDB数据库中小分子类型与要研究小分子类型的相似情况、以往文献等为依据进行选择。

2.2 pymol预处理：使用pymol去除蛋白溶剂分子及杂分子：点击S按钮，选中要去除的分子单击鼠标右键选择remove。处理后的蛋白保存为.pdb格式导出。

2.3 autodock预处理：读入蛋白：Autodock→file→read molecule (导入蛋白pdb文件)；加氢：edit→hydrogens→add；计算电荷：edit→charge→compute gasteiger。

2.4 导出：grid→choose（选中蛋白大分子）→select molecule（自动弹出保存格式，需手动加后缀.pdbqt）

2.5 清空autodock界面，删除蛋白及小分子为对接做准备：Edit→delete→ delete all molecules。

二、正式对接

1.设置对接盒子并运行

1.1 打开蛋白pdbqt结构：grid→macromolecule→open→蛋白pdbqt文件

1.2 打开小分子pdbqt结构：grid→set man types→open ligand→小分子pdbqt文件

1.3 设置盒子大小：grid→grid box (根据原pdb参考对接口袋位置或文献报道位置或全选)→设置盒子后点击file-close saving current

1.4 保存文件：grid→output→save GPF（需加后缀名字，此处为.gpf）

1.5 运行：run→run autogrid(系统会自动识别gpf文件，重选后可自动识别填充输出格式，输出格式为.glg）→launch

2 设置对接参数并运行

2.1 选择蛋白大分子：docking→macromolecule→set rigid filename

2.2 选择对接小分子：docking→ligand→open/choose→对接小分子→accept

2.3 设置运行算法：docking→search parameters→genetic algonthm(精确)、local search parameters(速度快，欠精确)

对接参数：docking→docking parameters→弹出的框选默认

2.4 导出：docking→output→根据之前选的算法进行导出，如之前选的local search parameters,这里选local search(导出文件加后缀名，这里是.dpf)

2.5 运行：run→run autodock→选dpf文件，重选后可自动识别填充输出格式，输出格式为.dlg文件→launch

三、分析结果

导入dlg文件：Analyze→docking→open→dlg文件
2.加蛋白：analyze→macromolecule→open

3.分析：analyze→conformations→play,ranked by energy

4.导出结果：write complex(加后缀.pdbqt)

四、对接注意事项

1.修改工作路径。工作目录中需要有adt.、autodock4、autogrid4、对接蛋白及小分子。

2.工作路径中不能有中文汉字，不能有空格。

3.对接时小分子需要在对接盒子外。点击DejaVu GUI按钮，选中小分子，点击preferences，取消勾选，长按鼠标右键拖动小分子至盒子外。然后点击preferences重新勾选。