分子动力学模拟AMBER参数意义

1.能量最小化参数（min.in）

例：

minimise ras-raf
&cntrl
imin=1,maxcyc=1000,ncyc=500,
cut=8.0,ntb=1,
ntc=2,ntf=2,
ntpr=100,
ntr=1, restraintmask=':1-242',
restraint_wt=2.0/

意义：imin=1 运行能量最小化的标志。imin=0 运行分子动力学模拟 ，imin=1运行能量最小化 ，imin=2读入轨迹进行分析；

maxcyc=1000 能量最小化的最大循环数为1000。(maxcyc最大循环次数，默认值=1)。

ncyc=500 最初的0到ncyc循环使用最速下降算法, 此后的ncyc到maxcyc(此处为1000步)循环切换到共轭梯度算法。（如果模拟的时候不希望进行方法的转换，可以再加入另一个关键词ntmin。如果ntmin=1，则将在ncyc周期后将最小化方法从最陡下降转换为共轭梯度）。

ntmin 最小化方法

=0，全共轭梯度最小化

=1，ncyc循环，先使用最陡下降然后转换为共轭梯度，默认为1，

=2，只使用最陡下降法，

=3，使用xmin方法，

=4，使用LMOD方法，

cut=8.0以埃为单位的非键截断距离(对于PME而言, 表示直接空间加和的截断. 不要使用低于8.0的值. 较高的数字略微提高精度, 但是大大增加计算成本)。

ntb=1 表示使用周期边界条件，这个选项要和前面生成的拓扑文件坐标文件相匹配，如果前面加溶剂时候用的是盒子水，就设置ntb=1，如果加的是层水，那就应该选择ntb=0。

ntc=2 启用SHAKE来约束所有包含氢的键；

ntf=2 不计算受SHAKE约束的键所受的力；

ntpr=100 每100次循环写入输出文件一次。(默认值50，能量和温度等信息写入输出文件的步长)

ntr =1 表示在能量优化的过程中要约束一些原子。 ntr > 0， 约束原子，由restraintmask限定，力限制有straint_wt控制，坐标将从restrt 文件读取refc文件；ntr = 0不约束原子数。

restraintmask=':1-242'。表示约束的是从1到242号残基，在这个分子中，1-242号残基是蛋白质上的氨基酸残基，从243号开始，就都是水了，所以这个命令的意思就是，约束整个蛋白质，自由地优化溶剂分子。

restraint_wt=2.0限定了约束的力常数，在这里约束原子就是把原子用一根弹簧拉在固定的位置上，一旦原子偏离固定的位置，系统就会给他施加一个回复力，偏离的越远，回复力越大，回复力就是由这个力常数决定的，单位是Kcal/(mol*A)。

2.温度参数（heat.in）

heat ras-raf
&cntrl
imin=0,irest=0,ntx=1,
nstlim=25000,dt=0.002,
ntc=2,ntf=2,
cut=8.0, ntb=1,
ntpr=500, ntwx=500,
ntt=3, gamma_ln=2.0,
tempi=0.0, temp0=300.0, ig=-1,
ntr=1, restraintmask=':1-242',
restraint_wt=2.0,
nmropt=1/&wt type='TEMP0', istep1=0, istep2=9000, value1=0.0, value2=300.0/&wt type='TEMP0', istep1=9001, istep2=10000, value1=300.0, value2=300.0/&wt type='END' /

参数意义：

imin意义同前。

irest =0 不需要重启模拟。（irest重启模拟标志，=0默认，不需要重启模拟，相反的启动新的模拟。如有速度信息则被忽略，同样 的时间步长计数将被设置为0；=1，重启模拟，从之前保存的restart文件中读取坐标和速度信息，如果irest=1， 则ntx必须是4或者更高（ntx=5）。）

ntx=1 从inpcrd文件中只读入坐标，不读入速度。（ntx 从inpcrd文件读取初始坐标、速度和盒子大小。ntx=1，默认，只读入坐标，不读入速度；ntx=5，同时读入速度和坐标信息，当ntb>0时，读入盒子信息，当irest=1时，速度 信息才有效读入。）

nstlim = 25000, MD步长为25000。（nstlim MD步长，默认值=1。）

dt = 0.002 时间步长为0.002。dt默认值为0.001，如果使用SHAKE推荐最大值为0.002，如果不使用SHAKE， 则选择0.001。注意，对于300K以上的温度，应该减少步长大小，因为更高的温度 意味着速度增加，每个力评估之间的距离更长，这可能导致异常高的能量和系统爆 炸。

ntc、ntf、cut、ntb、ntpr同前

ntwx=500 坐标写入mdcrd文件的步长为500, 默认值0。如果ntwx=0，则不写入坐标轨迹文件。

ntt 温度调节参数

=0，恒定的总能量经典动力学（假设ntb＜2，可能一直是这样ntt=0），注意，当 ntt=0，采用NVE方法。

=1，恒温，采用弱耦合算法，当ntt=1时，不适用于广义波恩模拟。

=2，安徒生式温度耦合方案，

=3，使用Langevin动力学与gamma_ln给出的碰撞频率γ。注意当γ=0时，等同 于ntt=0。langevin模拟非常容易受到同步伪影的影响，应该在每次模拟开始前给 定模拟的不同ig值。

=9，优化的OIN系综。

=10，随机等动能Nose-Hoover Respa积分器。

=11，随机版本的Berendsen恒温器，也称为Bussi恒温器。

gamma_ln 当ntt=3，碰撞频率γ，单位ps-1.默认值=0。

tempi 初始温度。

temp0 如果ntt＞0，系统要保持的参考温度。默认值=300

ig 伪随机数发生器的种子。如果ntx=3和tempi=0.0，MD启动速度参数取决于随机数 发生器种子。这个种子的值会影响用于langevin动力学或Andersen耦合的伪随机 值表，因此如果ntt=2或者ntt=3，则应该在每次重新启动时设置为不同的值。 如果ig=1（默认值），随机种子将基于当前日期和时间，因此每次运行都是不同的。建议，除非特别希望重现性，否则当ntt=2或者3时，ig应设置为-1。

ntr=1, restraintmask=':1-242', restraint_wt=2.0意义同前。

nmropt=1读入NMR限制和权重变化。

/&wt type='TEMP0', istep1=0, istep2=9000, value1=0.0, value2=300.0/&wt type='TEMP0', istep1=9001, istep2=10000, value1=300.0, value2=300.0/&wt type='END' /允许恒温器在整个模拟过程中改变其目标温度. 对于前9000步, 温度将从0 K增加到300 K. 对于9001至10000步, 温度将保持在300 K.

3.密度参数（density.in）

heat ras-raf
&cntrl
imin=0,irest=1,ntx=5,
nstlim=25000,dt=0.002,
ntc=2,ntf=2,
cut=8.0, ntb=2, ntp=1, taup=1.0,
ntpr=500, ntwx=500,
ntt=3, gamma_ln=2.0,
temp0=300.0, ig=-1,
ntr=1, restraintmask=':1-242',
restraint_wt=2.0,
/

参数意义

taup=1.0 压力松弛时间 1.0ps

余参数同前。

4.equil.in

heat ras-raf
&cntrl
imin=0,irest=1,ntx=5,
nstlim=250000,dt=0.002,
ntc=2,ntf=2,
cut=8.0, ntb=2, ntp=1, taup=2.0,
ntpr=1000, ntwx=1000,
ntt=3, gamma_ln=2.0,
temp0=300.0, ig=-1,
/

参数意义同前。

5.模拟参数（md.in）

Molecular Dynamics Simulation
&cntrl
imin=0,
temp0=300, ntt=3, gamma_ln=2.0,
ntp=1, taup=2.0,
ntb=2, ntc=2, ntf=2,
ntx=5, irest=1,
ntpr=1000, ntwr=1000, ntwx=1000,
nstlim=50000000, dt=0.002,
/

参数意义同前。