Gromacs
SD道法自然
这个作者很懒,什么都没留下…
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gmx报错记录
利用sudo apt update 和 sudo apt upgrade 后CUDA 没有安装成功,导致CUDA损坏,Gromacs 无法使用GPU进行加速。原创 2024-02-19 16:49:06 · 398 阅读 · 1 评论 -
Gromacs如何模拟体内的离子环境
【代码】Gromacs如何模拟体内的离子环境。原创 2023-04-27 07:00:00 · 441 阅读 · 0 评论 -
Gromacs减少生成文件大小的方法
其中trr文件比较大,在做分子模拟过程中,自己的硬盘为4T,但是生成的trr文件快到8T,无法储存。试想过,通过Gromacs的断点运行功能运行一段时间后,导出xtc,或者生成RMSD,然后将trr文件删除,通过cpt文件接着运行。将这些生成的xtc或者RMSD合并起来就可以得到完整的模拟过程,但这个过程会丢失trr文件。上面的做法比较麻烦,我们可以在最后一步模拟过程中直接不生成trr文件,生成xtc文件,与trr文件相比xtc没有原子的速度和力的信息,文件会大大缩小,不影响后面生成RMSD RMSF等。原创 2023-04-26 11:09:43 · 1136 阅读 · 0 评论