gmx报错记录

gmx 报错解决

1.问题来源
利用sudo apt update 和 sudo apt upgrade 后CUDA 没有安装成功，导致CUDA损坏，Gromacs 无法使用GPU进行加速。

2. 解决方法
   卸载CUDA

#利用命令卸载CUDA
sudo apt-get --purge remove cuda
#然后删除CUDA相关的配置文件和目录
sudo rm -rf /user/local/cuda*
#重新启动
sudo reboot

然后重新安装
安装需要到CUDA官网中(https://developer.nvidia.com/cuda-downloads)

选择自己对于的Linux平台然后就会出现

#Base Installer	
#Installation Instructions:
wget https://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/repos/ubuntu2204/x86_64/cuda-keyring_1.1-1_all.deb
sudo dpkg -i cuda-keyring_1.1-1_all.deb
sudo apt-get update
sudo apt-get -y install cuda-toolkit-12-3

#Driver Installer	
#NVIDIA Driver Instructions (choose one option)
To install the legacy kernel module flavor:
sudo apt-get install -y cuda-drivers
To install the open kernel module flavor:
sudo apt-get install -y nvidia-kernel-open-545
sudo apt-get install -y cuda-drivers-545

安装完成后在vim下添加环境变量
在~/.bashrc中添加环境变量
export PATH=/usr/local/cuda-12.3/bin${PATH:+:${PATH}}
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda-12.3/lib64${LD_LIBRARY_PATH:+:${LD_LIBRARY_PATH}}
#重新加载下
source ~/.bashrc
nvcc -V # 检测CUDA是否安装成功
#重新启动
sudo reboot