Gromacs如何模拟体内的离子环境

#1.获得拓扑文件
gmx pdb2gmx -ignh -ff amber99sb-ildn -f 5g2x.pdb -o 5g2x.gro -p 5g2x.top -water tip3p -missing


#2.创建盒子
gmx editconf -f 5g2x.gro -o 5g2x-PBC.gro -bt dodecahedron -d 1

#3.蛋白质分子真空中的能量最小化
gmx grompp -f mdp/em-vac-pme.mdp -c 5g2x-PBC.gro -p 5g2x.top -o em-vac.tpr -maxwarn 2


#使用mdrun命令运行能量最小化
gmx mdrun -v -deffnm em-vac


#4.向盒子中填充溶剂及离子并进行能量最小化

#添加溶剂离子
gmx solvate -cp em-vac.gro -cs spc216.gro -p 5g2x.top -o 5g2x-b4ion.gro


#生成 tpr文件
gmx grompp -f mdp/em-sol-pme.mdp -c 5g2x-b4ion.gro -p 5g2x.top -o ion.tpr -maxwarn 2

#添加离子模拟体内环境
#add ions   neutral （中和电荷）

gmx genion -s ion.tpr -o ion.gro -neutral -conc 0.05 -p 5g2x.top 

#再次生成tpr文件
gmx grompp -f mdp/em-sol-pme.mdp -c ion.gro -p 5g2x.top -o ion.tpr  -maxwarn 2

#add ions  add MgCL2
gmx genion -s ion.tpr -o ion.gro -neutral -conc 0.01 -p 5g2x.top -pname MG -nname CL  -seed 1993 #

#再次生成tpr文件
gmx grompp -f mdp/em-sol-pme.mdp -c ion.gro -p 5g2x.top -o ion.tpr -maxwarn 2


gmx genion -s ion.tpr -o ion.gro -neutral -conc 0.01 -p 5g2x.top -nname CL  -seed 1993 #add MgCL2

#再次生成tpr文件
gmx grompp -f mdp/em-sol-pme.mdp -c ion.gro -p 5g2x.top -o ion.tpr  -maxwarn 2


#add ions  add KCl
gmx genion -s ion.tpr -o ion.gro -neutral -conc 0.01 -p 5g2x.top -pname K -nname CL  -seed 1993  #add KCl


#再次生成tpr文件
gmx grompp -f mdp/em-sol-pme.mdp -c ion.gro -p 5g2x.top -o em-sol.tpr -maxwarn 2


#使用mdrun命令运行能量最小化
gmx mdrun -v -deffnm em-sol


#第六步: 位置限制性预平衡模拟

#预处理文件, 并运行NVT模拟
gmx grompp -f mdp/nvt-pr-md.mdp -r em-sol.gro  -c em-sol.gro  -p 5g2x.top -o nvt-pr.tpr -maxwarn 2
gmx mdrun -deffnm nvt-pr


#预处理文件, 并运行NPT模拟
gmx grompp -f mdp/npt-pr-md.mdp -c nvt-pr.gro -p 5g2x.top -o npt-pr.tpr -r  nvt-pr.gro  -maxwarn 2
gmx mdrun -deffnm npt-pr

#7.成品模拟
gmx grompp -f mdp/npt-nopr-md.mdp -c npt-pr.gro -p 5g2x.top -o npt-nopr.tpr
gmx mdrun -deffnm npt-nopr  -v



#############运行完后分析###################################################
RMSD 
gmx rms -s npt-nopr.tpr -f npt-nopr.trr -o fws-protein-rmsd.xvg  # protein
gmx rms -s npt-nopr.tpr -f npt-nopr.trr -o fws-ligand-rmsd.xvg  # ligand



RMSF
gmx rmsf -s npt-nopr.tpr -f npt-nopr.trr -b 500 -o fws-rmsf.xvg -ox fws-avg.pdb -res  

gyrate   
gmx gyrate -s npt-nopr.tpr -f npt-nopr.trr -o fws-gyrate.xvg