Gromacs减少生成文件大小的方法

Gromacs MD只生成xtc文件

Gromacs 最后一步生成的有trr，cpt,xtc文件。这些文件的生成是由成品模拟最后一步的mdp文件控制的。其中trr文件比较大，在做分子模拟过程中，自己的硬盘为4T，但是生成的trr文件快到8T，无法储存。试想过，通过Gromacs的断点运行功能运行一段时间后，导出xtc,或者生成RMSD,然后将trr文件删除，通过cpt文件接着运行。将这些生成的xtc或者RMSD合并起来就可以得到完整的模拟过程，但这个过程会丢失trr文件。
上面的做法比较麻烦，我们可以在最后一步模拟过程中直接不生成trr文件，生成xtc文件，与trr文件相比xtc没有原子的速度和力的信息，文件会大大缩小，不影响后面生成RMSD RMSF等。

; OUTPUT CONTROL OPTIONS
; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)
nstxout                  = 0
nstvout                  = 5000
nstfout                  = 5000
; Output frequency for energies to log file and energy file
nstlog                   = 1000
nstcalcenergy            = 100
nstenergy                = 5000
; Output frequency and precision for .xtc file
nstxout-compressed       = 5000
compressed-x-precision   = 1000
; This selects the subset of atoms for the compressed
; trajectory file. You can select multiple groups. By
; default, all atoms will be written.
compressed-x-grps        = 
; Selection of energy groups
energygrps               = 
`以下内容参考https://blog.csdn.net/CocoCream/article/details/126116755
`
###########################这五项是需要写入trr文件中的#######################
nstvout (0) [steps]: 将速度写入输出轨迹文件（trr）的间隔步数，其余同上。

nstfout (0) [steps]: 将力写入输出轨迹文件（trr）的间隔步数，其余同上。

nstlog (100) [steps]: 将能量写入日志文件的间隔步数，始终写入最后的能量。

nstcalcenergy (100): 计算能量的间隔步数，0代表不计算。此选项仅与动力学相关。此选项会影响并行模拟的性能，因为计算能量需要所有进程之间的全局通信，这可能成为高并行化的瓶颈。

nstenergy (1000) [steps]: 将能量写入能量文件的间隔步数，始终写入的最后一个能量。该值应为 nstcalcenergy 的倍数。请注意，每一步 MD step 的精确和（sums）以及波动（fluctuations）模 nstcalcenergy 的值都存储在能量文件中，因此当 nstenergy>1 时，gmx energy 也可以报告精确的能量平均值和波动。


##################xtc文件输出控制参数#######################################
nstxout-compressed (0) [steps]: 使用有损压缩（xtc）写入位置坐标的间隔步数步数，0表示不写入压缩坐标输出。

compressed-x-precision (1000) [real]: 写入压缩轨迹文件（xtc）的精度。

compressed-x-grps 写入压缩轨迹文件的索引组，默认情况下写入整个系统（如果 nstxout compressed>0）。


#################如果需要GPU加速此项需要删除############################
energygrps 将该组的短程非键合势能写入能量文件（不支持GPU）（5.0.4版本说明中该条为：写入能量文件的索引组）


我们可以通过改写以上的控制参数从而使得trr文件不生成只生成xtc文件。
; OUTPUT CONTROL OPTIONS
#删除
; Output frequency for coords (x), velocities (v) and forces (f)
nstxout                  = 0
nstvout                  = 5000
nstfout                  = 5000
#删除

#保留
; Output frequency for energies to log file and energy file
nstlog                   = 1000
nstcalcenergy            = 100
nstenergy                = 5000
; Output frequency and precision for .xtc file
nstxout-compressed       = 5000
compressed-x-precision   = 1000
#保留


这样就可以只生成xtc文件以及log文件了