Task04数据完整存储与内存的数据集类+节点预测与边预测任务实践

InMemoryDataset基类简介

在PyG中，我们通过继承InMemoryDataset类来自定义一个数据可全部存储到内存的数据集类

class InMemoryDataset(root: Optional[str] = None, transform: Optional[Callable] = None, pre_transform: Optional[Callable] = None, pre_filter: Optional[Callable] = None)

nMemoryDataset`类初始化方法参数说明:

• root：字符串类型，存储数据集的文件夹的路径。该文件夹下有两个文件夹：
  • 一个文件夹为记录在**raw_dir，它用于存储未处理的文件，从网络上下载的数据集原始文件**会被存放到这里；
  • 另一个文件夹记录在**processed_dir**，处理后的数据被保存到这里，以后从此文件夹下加载文件即可获得Data对象。
  • 注：raw_dir和processed_dir是属性方法，我们可以自定义要使用的文件夹。
• transform：函数类型，一个数据转换函数，它接收一个Data对象并返回一个转换后的Data对象。此函数在每一次数据获取过程中都会被执行。获取数据的函数首先使用此函数对Data对象做转换，然后才返回数据。此函数应该用于数据增广（Data Augmentation）。该参数默认值为None，表示不对数据做转换。
• pre_transform：函数类型，一个数据转换函数，它接收一个Data对象并返回一个转换后的Data对象。此函数在Data对象被保存到文件前调用。因此它应该用于只执行一次的数据预处理。该参数默认值为None，表示不做数据预处理。
• pre_filter：函数类型，一个检查数据是否要保留的函数，它接收一个Data对象，返回此Data对象是否应该被包含在最终的数据集中。此函数也在Data对象被保存到文件前调用。该参数默认值为None，表示不做数据检查，保留所有的数据。

通过继承InMemoryDataset类来构造一个我们自己的数据集类，我们需要实现四个基本方法：

• raw_file_names()：这是一个属性方法，返回一个数据集原始文件的文件名列表，数据集原始文件应该能在raw_dir文件夹中找到，否则调用process()函数下载文件到raw_dir文件夹。
• processed_file_names()。这是一个属性方法，返回一个存储处理过的数据的文件的文件名列表，存储处理过的数据的文件应该能在processed_dir文件夹中找到，否则调用process()函数对样本做处理，然后保存处理过的数据到processed_dir文件夹下的文件里。
• download(): 下载数据集原始文件到raw_dir文件夹。
• process(): 处理数据，保存处理好的数据到processed_dir文件夹下的文件。

InMemoryDataset数据集类实例
PlanetoidPubMed数据集类的构造

import os.path as osp

import torch
from torch_geometric.data import (InMemoryDataset, download_url)
from torch_geometric.io import read_planetoid_data

class PlanetoidPubMed(InMemoryDataset):
    r""" 节点代表文章，边代表引用关系。
   		 训练、验证和测试的划分通过二进制掩码给出。
    参数:
        root (string): 存储数据集的文件夹的路径
        transform (callable, optional): 数据转换函数，每一次获取数据时被调用。
        pre_transform (callable, optional): 数据转换函数，数据保存到文件前被调用。
    """

    url = 'https://github.com/kimiyoung/planetoid/raw/master/data'
    # url = 'https://gitee.com/rongqinchen/planetoid/raw/master/data'
    # 如果github的链接不可用，请使用gitee的链接

    def __init__(self, root, transform=None, pre_transform=None):

        super(PlanetoidPubMed, self).__init__(root, transform, pre_transform)
        self.data, self.slices = torch.load(self.processed_paths[0])

    @property
    def raw_dir(self):
        return osp.join(self.root, 'raw')

    @property
    def processed_dir(self):
        return osp.join(self.root, 'processed')

    @property
    def raw_file_names(self):
        names = ['x', 'tx', 'allx', 'y', 'ty', 'ally', 'graph', 'test.index']
        return ['ind.pubmed.{}'.format(name) for name in names]

    @property
    def processed_file_names(self):
        return 'data.pt'

    def download(self):
        for name in self.raw_file_names:
            download_url('{}/{}'.format(self.url, name), self.raw_dir)

    def process(self):
        data = read_planetoid_data(self.raw_dir, 'pubmed')
        data = data if self.pre_transform is None else self.pre_transform(data)
        torch.save(self.collate([data]), self.processed_paths[0])

    def __repr__(self):
        return '{}()'.format(self.name)

dataset = PlanetoidPubMed('dataset/PlanetoidPubMed')
print(dataset.num_classes)
print(dataset[0].num_nodes)
print(dataset[0].num_edges)
print(dataset[0].num_features)

# 3
# 19717
# 88648
# 500

节点预测与边预测任务实践

节点预测任务实践

class GAT(torch.nn.Module):
    def __init__(self, num_features, hidden_channels_list, num_classes):
        super(GAT, self).__init__()
        torch.manual_seed(12345)
        hns = [num_features] + hidden_channels_list
        conv_list = []
        for idx in range(len(hidden_channels_list)):
            conv_list.append((GATConv(hns[idx], hns[idx+1]), 'x, edge_index -> x'))
            conv_list.append(ReLU(inplace=True),)

        self.convseq = Sequential('x, edge_index', conv_list)
        self.linear = Linear(hidden_channels_list[-1], num_classes)

    def forward(self, x, edge_index):
        x = self.convseq(x, edge_index)
        x = F.dropout(x, p=0.5, training=self.training)
        x = self.linear(x)
        return x

我们通过hidden_channels_list参数来设置每一层GATConv的outchannel，所以hidden_channels_list长度即为GATConv的层数。通过修改hidden_channels_list，我们就可构造出不同的图神经网络。

边预测任务实践
边预测任务，目标是预测两个节点之间是否存在边。拿到一个图数据集，我们有节点属性x，边端点edge_index。edge_index存储的便是正样本。为了构建边预测任务，我们需要生成一些负样本，即采样一些不存在边的节点对作为负样本边，正负样本数量应平衡。此外要将样本分为训练集、验证集和测试集三个集合。

PyG中为我们提供了现成的采样负样本边的方法，train_test_split_edges(data, val_ratio=0.05, test_ratio=0.1)，其

• 第一个参数为torch_geometric.data.Data对象，
• 第二参数为验证集所占比例，
• 第三个参数为测试集所占比例。

该函数将自动地采样得到负样本，并将正负样本分成训练集、验证集和测试集三个集合。它用train_pos_edge_index、train_neg_adj_mask、val_pos_edge_index、val_neg_edge_index、test_pos_edge_index和test_neg_edge_index，六个属性取代edge_index属性。

注意train_neg_adj_mask与其他属性格式不同，其实该属性在后面并没有派上用场，后面我们仍然需要进行一次训练集负样本采样。

下面我们使用Cora数据集作为例子，进行边预测任务说明。
获取数据集并进行分析

import os.path as osp

from torch_geometric.utils import negative_sampling
from torch_geometric.datasets import Planetoid
import torch_geometric.transforms as T
from torch_geometric.utils import train_test_split_edges

dataset = Planetoid('dataset', 'Cora', transform=T.NormalizeFeatures())
data = dataset[0]
data.train_mask = data.val_mask = data.test_mask = data.y = None # 不再有用

print(data.edge_index.shape)
# torch.Size([2, 10556])

data = train_test_split_edges(data)

for key in data.keys:
    print(key, getattr(data, key).shape)

# x torch.Size([2708, 1433])
# val_pos_edge_index torch.Size([2, 263])
# test_pos_edge_index torch.Size([2, 527])
# train_pos_edge_index torch.Size([2, 8976])
# train_neg_adj_mask torch.Size([2708, 2708])
# val_neg_edge_index torch.Size([2, 263])
# test_neg_edge_index torch.Size([2, 527])
# 263 + 527 + 8976 = 9766 != 10556
# 263 + 527 + 8976/2 = 5278 = 10556/2

边预测图神经网络的构造

import torch
from torch_geometric.nn import GCNConv

class Net(torch.nn.Module):
    def __init__(self, in_channels, out_channels):
        super(Net, self).__init__()
        self.conv1 = GCNConv(in_channels, 128)
        self.conv2 = GCNConv(128, out_channels)

    def encode(self, x, edge_index):
        x = self.conv1(x, edge_index)
        x = x.relu()
        return self.conv2(x, edge_index)

    def decode(self, z, pos_edge_index, neg_edge_index):
        edge_index = torch.cat([pos_edge_index, neg_edge_index], dim=-1)
        return (z[edge_index[0]] * z[edge_index[1]]).sum(dim=-1)

    def decode_all(self, z):
        prob_adj = z @ z.t()
        return (prob_adj > 0).nonzero(as_tuple=False).t()

用于做边预测的神经网络主要由两部分组成：其一是编码（encode），它与我们前面介绍的节点表征生成是一样的；其二是解码（decode），它根据边两端节点的表征生成边为真的几率（odds）。decode_all(self, z)用于推理（inference）阶段，我们要对所有的节点对预测存在边的几率。
边预测图神经网络的训练
定义单个epoch的训练过程

def get_link_labels(pos_edge_index, neg_edge_index):
    num_links = pos_edge_index.size(1) + neg_edge_index.size(1)
    link_labels = torch.zeros(num_links, dtype=torch.float)
    link_labels[:pos_edge_index.size(1)] = 1.
    return link_labels

def train(data, model, optimizer):
    model.train()

    neg_edge_index = negative_sampling(
        edge_index=data.train_pos_edge_index,
        num_nodes=data.num_nodes,
        num_neg_samples=data.train_pos_edge_index.size(1))

    optimizer.zero_grad()
    z = model.encode(data.x, data.train_pos_edge_index)
    link_logits = model.decode(z, data.train_pos_edge_index, neg_edge_index)
    link_labels = get_link_labels(data.train_pos_edge_index, neg_edge_index).to(data.x.device)
    loss = F.binary_cross_entropy_with_logits(link_logits, link_labels)
    loss.backward()
    optimizer.step()

    return loss

通常，存在边的节点对的数量往往少于不存在边的节点对的数量。我们在每一个epoch的训练过程中，都进行一次训练集负样本采样。采样到的样本数量与训练集正样本相同，但不同epoch中采样到的样本是不同的。这样做，我们既能实现类别数量平衡，又能实现增加训练集负样本的多样性。在负样本采样时，我们传递了train_pos_edge_index为参数，于是negative_sampling()函数只会在训练集中不存在边的节点对中采样。get_link_labels()函数用于生成完整训练集的标签。
定义单个epoch验证与测试过程

@torch.no_grad()
def test(data, model):
    model.eval()

    z = model.encode(data.x, data.train_pos_edge_index)

    results = []
    for prefix in ['val', 'test']:
        pos_edge_index = data[f'{prefix}_pos_edge_index']
        neg_edge_index = data[f'{prefix}_neg_edge_index']
        link_logits = model.decode(z, pos_edge_index, neg_edge_index)
        link_probs = link_logits.sigmoid()
        link_labels = get_link_labels(pos_edge_index, neg_edge_index)
        results.append(roc_auc_score(link_labels.cpu(), link_probs.cpu()))
    return results

运行完整的训练、验证与测试

def main():
    device = torch.device('cuda' if torch.cuda.is_available() else 'cpu')
    
    dataset = 'Cora'
    path = osp.join(osp.dirname(osp.realpath(__file__)), '..', 'data', dataset)
    dataset = Planetoid(path, dataset, transform=T.NormalizeFeatures())
    data = dataset[0]
    ground_truth_edge_index = data.edge_index.to(device)
    data.train_mask = data.val_mask = data.test_mask = data.y = None
    data = train_test_split_edges(data)
    data = data.to(device)

    model = Net(dataset.num_features, 64).to(device)
    optimizer = torch.optim.Adam(params=model.parameters(), lr=0.01)

    best_val_auc = test_auc = 0
    for epoch in range(1, 101):
        loss = train(data, model, optimizer)
        val_auc, tmp_test_auc = test(data, model)
        if val_auc > best_val_auc:
            best_val_auc = val_auc
            test_auc = tmp_test_auc
        print(f'Epoch: {epoch:03d}, Loss: {loss:.4f}, Val: {val_auc:.4f}, '
              f'Test: {test_auc:.4f}')

    z = model.encode(data.x, data.train_pos_edge_index)
    final_edge_index = model.decode_all(z)


if __name__ == "__main__":
    main()