rdkit 处理2D、3D分子

最新推荐文章于 2024-09-21 23:59:08 发布

qq_36801966

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分类专栏： python 文章标签： rdkit Compute2DCoords EmbedMolecule pickle ToBinary

本文链接：https://blog.csdn.net/qq_36801966/article/details/106531131

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本文介绍了如何利用rdkit处理2D和3D分子，包括计算2D坐标、生成3D构象、计算RMS值及优化，并探讨了保存分子对象的方法，如pickling和二进制文件。

摘要生成于 C知道，由 DeepSeek-R1 满血版支持，前往体验 >

Smiles 可以看成分子的1D形式，分子的平面结构可以看成分子的2D形式。该算法能够减少分子中原子在平面内的碰撞，使得绘制的分子更加清晰。

一、引入所需库

#! /usr/bin/python
# coding: utf-8
# rdkit 处理2D、3D分子


from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
from rdkit.Chem import Draw

import pickle

二、处理2D分子

如果有多个分子共享一个骨架，我们希望绘图的时候能够保证在这些分子中的骨架方向是一致的。首先把骨架提取成绘图模板，然后在绘图上添加基团。
我们可以看到这4个结构都含有吡咯并嘧啶（c1nccc2n1ccc2）的子结构，但是在图片上他们的子结构取向不一致，不便于比较他们的结构。我们可以采用模板绘制法，固定公共子结构的取向。


smis = [
    'COC1=C(C=CC(=C1)NS(=O)(=O)C)C2=CN=CN3C2=CC=C3',
    'C1=CC2=C(C(=C1)C3=CN=CN4C3=CC=C4)ON=C2C5=CC=C(C=C5)F',
    'COC(=O)C1=CC2=CC=CN2C=N1',
    'C1=C2C=C(N=CN2C(=C1)Cl)C(=O)O',
]
template = Chem.MolFromSmiles('c1nccc2n1ccc2')

2.1 计算分子的2D坐标函数解析

Compute2DCoords（
    （Mol）mol   # 目标分子
    [,（bool）canonOrient = True #以规范的方式定向分子
    [,（bool）clearConfs = True # 如果为真，则该分子上的所有现有构象将被清除
    [,（dict）coordMap = {
   }  # 映射原子ID的字典-> Point2D对象与应该锁定其位置的原子的起始坐标。
    [,（int）nFlipsPerSample = 0  # 可旋转债券的数量 一次随机翻转。
    [,（int）nSample = 0   # 可旋转键的随

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