2019年01月_Bio Coder

原创 shell编程 case函数书写格式

#!/bin/bashcase $1 in1) echo "xiong da";;2) echo "xiong er";;*) echo "guang tou qiang";;esac

2019-01-23 10:58:53 437

原创 shell编程 read函数的使用

#!/bin/bashread -t 99 -p "input your name " NAME #-t等待时间；-p提示信息；赋值给NAMEecho $NAME

2019-01-23 10:54:47 516

原创 shell编程自定义函数书写格式

#!/bin/bashfunction sum(){ s=$[$1+$2] echo $s}read -p "input your first number: " P1read -p "input your second number: " P2sum P1 P2

2019-01-23 10:48:56 367

转载 python 数据处理 list serise dataframe ndarray dict tuple之间的相互转化

import numpy as npimport pandas as pd########### Series ###########Series &lt;--&gt; DataFrame*dataframe* = pd.DataFrame({"XXX1":*series1*,"XXX2":*series2*})*series* = *dataframe*[0] #无标签时*

2019-01-23 10:18:07 443

原创 shell编程 for语句

for循环实例1：#!/bin/bashs=0for((i=1;i<=100;i++))do s=$[$s+$i]done echo $sfor循环实例2（命令后加参数）：#!/bin/bashfor i in "$*" #$*作为整体do echo zhangwuji love "$i"donefor j in "$...

2019-01-23 10:13:59 336

原创 shell编程 while 语句

#!/bin/bashs=0i=1while [ $i -le 100 ] #条件语句 [] 内部保留空格do s=$[$s + $i] #计算语句 [] 内部不保留空格 i=$[$i + 1]doneecho $s

2019-01-23 10:05:41 527

原创 Linux weget （文件下载）安装方法

1、首先，在官网下载weget安装包（https://ftp.gnu.org/gnu/wget/）2、将文件上传到Linux服务器上3、执行安装命令$ gunzip < wget-1.12.tar.gz | tar -xv$ cd wget-1.12$ ./configure$ make详细步骤参考官方说明文档：http://www.gnu.org/software/wget...

2019-01-21 10:13:44 8661

原创快速排序（divide and conquer）,D&C ,分而治之，快速排序

D&amp;amp;amp;amp;amp;amp;C的工作原理：（1）找出基准条件，我一般默认第一个数为基准数（2）确定如何缩小规模，使其符合基线条件的进行递归循环排序举例：list = [5,6,3,8,6,9,4,3,2,1,7] #要排序的列表def quickly_sort(list): if len(list) &amp;amp;amp;amp;amp;lt; 2: return list else

2019-01-16 18:01:01 382

转载 VCF 文件格式详解

VCF文件主题有两部分组成：1、注释文件：包括了##fileformat=VCFv4.1 #文件格式版本##program=fas2vcf #文件生成系统##samples=DUNA3503 #样本个体编号##FORMAT=&lt;ID=GT,Number=1,Type=String,Description="Genotype"&gt;2、主体文件：#CHROM POS...

2019-01-15 12:23:37 8177 1

原创 nohup jupyter notebook &、nohup commad & 命令 Linux服务器保持运行

Linux 服务器上的jupyter notebook在关闭服后，window客户端仍可正常登陆的解决方法：命令1：nohup jupyter notebook &命令2：exit注意：使用这个命令1命令，单击回车键，使用命令2退出，命令1才会生效。nohup commad & #使用方法类似于上述案列...

2019-01-14 14:20:34 3741

原创 linux jupyter notebook 远程浏览器 window客户端访问配置方法

基础条件：linux 系统里安装有：Anacondajupyter notebookpython(或者ipython）配置jupyter notebook远程0.登录你的远程服务器1.生成配置文件jupyter notebook --generate-config2.生成密码使用ipython或者python生成密文码$ipythonIn [1]: from notebo...

2019-01-14 09:52:32 907

原创 Anaconda 镜像更换为清华仓库镜像

Anaconda 是一个用于科学计算的 Python 发行版，支持 Linux, Mac, Windows, 包含了众多流行的科学计算、数据分析的 Python 包。Anaconda 安装包可以到 https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/archive/ 下载。TUNA 还提供了 Anaconda 仓库的镜像，运行以下命令:conda co...

2019-01-14 00:07:54 7774

原创 R语言文本文件分割符号 sep

一般情况下：csv 文件 sep = “,” # 以逗号分割tsv 文件 sep = “\t” #以制表符分割其他文件 sep = &amp;quot; &amp;quot; #以空格分割具体情况，具体调整sep= 文件中的字段分离符，用于文件数据文本的读取和保存过程中指定分割符号。...

2019-01-13 12:32:59 14563 1

转载 Linux 集群服务器普通用户软件安装步骤

获取源代码，一般是wget方式，ubuntu可以使用apt-get source来获取源代码。解压源代码，一般使用tar -zxvf xxx.tar.gz即可切换到解压后的目录，运行 ./configure。其选项可以通过 ./configure –help来获取，非root用户下最重要的应该是定义安装目录，即应该定义 ./configure –prefix=/path/to/bi...

2019-01-13 12:00:10 2881

原创算法递归线条件和递归条件栈调用栈递归调用栈

Sack Overflow：”如果使用循环性能可能更高；如果使用递归，程序更容易理解。如何选择要看什么对你来说最重要。“一、递归函数必须有基准条件和递归条件基准条件：负责到达一定条件结束循环递归条件：负责递归循环def record(i): print(i) if i <= 0: return #基准条件，负责结束循环 else:...

2019-01-12 11:25:44 425

原创 python 实现列表选择排序算法（两种方法实现）

方法一：（remove方法）arr = [2, 3, 5, 6, 4, 1, 9]#找出最小元素def findsmallest(arr): smallest = arr[0] #假设第一个元素为最小值 for i in range(1,len(arr)): if arr[i] &lt; smallest: smallest =...

2019-01-12 00:20:35 2008

原创 web自动化从excel 单倍型位置数据读取到网页碱基序列，自动填写NCBI的blast表单并提交自动化流程

#导入数据库import requestsimport pandas as pdfrom selenium import webdriverimport timeimport pyperclipfrom selenium.webdriver.common.keys import Keys#碱基位置参数信息提取d1 = pd.read_excel('D:/GWAS全套数据库/hap...

2019-01-11 11:35:07 558

原创 juypyter notebook安装 R核（IRkernel）

首先，打开R 运行：install.packages('IRkernel')其次，将R核为当前用户安装:IRkernel::installspec()最后，将R核应用到系统范围内：IRkernel::installspec(user = FALSE)利用以下命令检查安装结果：jupyter kernelspec list这里已经安装成功了！...

2019-01-05 16:04:08 3527

原创 AttributeError: 'NoneType' object has no attribute 'bytes', python -m pip install --upgrade pip升级解决

python -m pip install --upgrade pip 安装出现报错，上级失败时，两种解决方案方案一：easy_install -U pip方案二：python -m pip install -U --force-reinstall pip

2019-01-05 13:21:46 1452 2

原创后一个数减前一个数形成新列表

a = [1, 2, 3, 4, 5, 6] #原列表c = [] #生成一个空列表，用来放新列表for i in range(len(a)-1): b = a[i+1] - a[i] #后者减前者 c.append(b) #添加元素到新列表print(c)...

2019-01-04 09:13:06 13487 1

qq_40256654的博客