利用shell 脚本，调用 singularity 容器里的cnvnator软件

要在Shell脚本中使用Singularity调用CNVnator软件，你需要遵循以下步骤。这里假设你已经有了一个包含CNVnator的Singularity容器镜像。

步骤 1: 准备你的环境

确保你的系统上已经安装了Singularity。
确保你有一个包含CNVnator的Singularity容器镜像。如果没有，你可能需要创建或下载一个。创建容器镜像的具体步骤取决于你所使用的Singularity版本和CNVnator的安装要求。

步骤 2: 创建Shell脚本

创建一个新的Shell脚本文件，例如run_cnvnator.sh。

vim run_cnvnator.sh

步骤 3: 编写脚本以调用CNVnator

在你的Shell脚本中，使用singularity exec命令来调用容器中的CNVnator。你需要指定容器镜像文件的路径，以及你想要在容器中运行的CNVnator命令。以下是一个示例脚本，它演示了如何在Singularity容器中运行CNVnator来分析一个示例文件：

#!/bin/bash

# 定义Singularity镜像路径
SINGULARITY_IMAGE="/path/to/your/cnvnator_image.sif"

# 定义CNVnator命令的参数
# 这里仅为示例，你需要根据实际情况调整
CNVNATOR_COMMAND="cnvnator -root out.root -tree your_data.bam"

# 使用singularity exec在容器中执行CNVnator
singularity exec $SINGULARITY_IMAGE $CNVNATOR_COMMAND

# 你可以继续添加更多的CN