生信技工-CSDN博客

原创用Hifiasm组装基因组：（三）Hifiasm软件组装基因组的多种模式

该算法结合了HiFi数据中精确的局部单倍型信息和Hi-C数据中的长距离互作用信息以达到全局定相 (phasing)，从而获得不依赖亲本信息的染色体级别的单倍型组装结果。单倍体分型组装生成一对文件（asm.bp.hap1.p_ctg.gfa和asm.bp.hap2.p_ctg.gfa），代表二倍体的两个单倍型。根据可用的数据不同，Hifiasm组装基因组在HiFi数据基础上，还有几种模式可以增加组装的完整度和准确度。Hi-C Integrated assembly 模式（HiFi数据+Hi-C数据）

2024-06-22 10:59:52 1075

原创用Hifiasm组装基因组：（二）Hifiasm软件的算法

在标准的trio-binning策略中，无法区分的杂合reads在两个亲本数据集中都会使用。与现有基于Hi-C组装单倍体基因组的方法不同，Hifiasm（Hi-C）算法直接在 HiFi 组装图上运行，并将 Hi-C read mapping、分型（phasing）和组装紧密集成到一个单一的可执行程序中，而不依赖外部工具。Hifiasm（trio）算法在亲本 k-mers 的unitigs中标记reads，但 Hifiasm（Hi-C）用 Hi-C reads对相对较短的unitigs进行分类。

2024-06-21 17:37:47 896 2

原创用Hifiasm组装基因组：（四）用Hifiasm软件组装基因组的操作

要检查Ho_coverage值是否接近k-mer plot中确定的纯和峰值Ho_peak值，如果不接近（比如更接近He_peak值）那表明hifiasm错误地确定了纯合子覆盖度值，此时组装的基因组要么太大，要么太小。log文件会先打印一个k-mer plot，如果指定了Hi-C数据，还会再接着打印几轮校正（round 1，2，3，finally）的k-mer plot。对于输出的每个图（graph），Hifiasm也会输出一个简化版本（xx_nnoseq_xx.gfa），这个版本没有易于可视化的序列。

2024-06-21 11:02:18 1198

原创用Hifiasm基于HiFi数据组装基因组：（一）简介Hifiasm软件和HiFi数据

HiFi reads（High Fidelity reads）是2019年由PacBio公司推出的基于环化一致性序列（Circular Consensus Sequencing，CCS）模式产生的既兼顾长读长（10-20kb的长度）又具有高精度（>99%准确率）的测序结果。宏基因组组装评估中，hifiasm-meta以及metaflye的组装错误最少，但是在面对复杂宏基因组时hifiasm-meta的完整性及连续性明显优于metaflye，但同时也会保留部分冗余的序列。半天时间可以组装一个人类基因组。

2024-06-21 11:01:35 755

qq_40569830的博客

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原创用Hifiasm组装基因组：（二）Hifiasm软件的算法

原创用Hifiasm组装基因组：（四）用Hifiasm软件组装基因组的操作

原创用Hifiasm基于HiFi数据组装基因组：（一）简介Hifiasm软件和HiFi数据

原创富集分析：（一）概述

原创用k-mer分析进行基因组调查：（六）用KmerGenie一步实现

原创用k-mer分析进行基因组调查：（五）用GCE分步实现

原创用k-mer分析进行基因组调查：（四）用GenomeScope评估基因组特征

原创用k-mer分析进行基因组调查(genome survey)：（三）用KMC进行k-mer频数统计

原创用k-mer分析进行基因组调查：（二）用jellyfish进行k-mer频数统计

原创用k-mer分析进行基因组调查：（一）基本原理

原创【无标题】

原创 #step by step# Linux command line and explanation for NGS data

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