用k-mer分析进行基因组调查：（二）用jellyfish进行k-mer频数统计

最新推荐文章于 2024-05-24 23:29:41 发布
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【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeScope2.0做多倍体物种的基因组调查。

1. k-mer进行基因组调查的软件

k-mer进行基因组调查分为k-mer频数统计和基因组特征评估两步。

  • jellyfish可以实现第一步k-mer频数统计。
  • jellyfish的结果sample.histo可以用在GenomeScope上，实现第二步基因组特征评估。

2. jellyfish 简介

jellyfish是Center for Bioinformatics and Computational Biology在2011年研发的一款对DNA的k-mers计数的软件，用Hash表储存数据，能多线程运行。

3. jellyfish 安装

  1. conda安装
  • conda install -c bioconda jellyfish #安装的是v2.2.10
  1. github安装

4. jellyfish 运行

一般先用jellyfish count进行k-mer计数，

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smudgeplot:利用全基因组测序数据推断倍性和杂合性结构
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污点图 该工具从kmer计数数据库中提取杂合的kmer对，并对其进行体操。 我们能够通过比较kmer对覆盖率的总和（CovA + CovB）与它们的相对覆盖率（CovB /（CovA + CovB））来解开基因组结构。 这种方法还使我们能够分析重复，各种倍性水平等晦涩的基因组。 污点图是从原始的或什至更好的修剪后的读数中计算得出的，并显示出使用杂合kmer对的单倍型结构。 例如： 每个单倍型结构在图上都有一个独特的污迹，并且污迹的热量表明与其他结构相比，单倍型结构在基因组中代表的频率有多高。 上面的图像是理想的情况，其中测序覆盖范围足以精美地分离所有污迹，从而提供了非常有力且清晰的三倍体证据。 该工具计划在不久的将来成为的一部分。 安装 您将需要一个用于计算kmers的程序，例如已安装的 ，并且您肯定还应该运行 （经典kmer光谱分析）。 不仅需要GenomeScope和Smudge
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JELLYFISH是CBCB(Center for Bioinformatics and Computational Biology)的Guillaume Marçais 和 Carl Kingsford 研发的一款计数 DNA 的 k-mers 的软件。该软件运用 Hash 表来存储数据，同时能多线程运行，速度快，内存消耗小。该软件只能运行在64位的Linux系统下。其文章于2011年发表在杂志 Bioinformatics 上。 JELLYFISH安装 $ wget http://www.cbc.
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kcoss是一个用于组装基因组分析的超快速k-mer计数器。k-mer是指DNA序列中长度为k的连续子串。在基因组分析中，k-mer计数是一种常用的方法，用于测量不同k-mer在基因组中出现的频率，从而获得有关基因组特征的信息。 kcoss与传统的k-mer计数器相比，具有极高的计算速度和内存效率。它使用一种新颖的压缩算法，能够快速地生成k-mer计数矩阵，并能在较小的内存空间中存储计数信息。这使得kcoss能够处理大规模的基因组数据，同时有效地节省计算资源。 kcoss还具有高度的可扩展性和灵活性。它可以根据用户的需求设置不同的参数，如k-mer长度和计数阈值，以获得不同精度和速度的基因组分析结果。此外，kcoss还支持多线程并行计算，进一步加快了计算速度。 在实际应用中，kcoss可以用于各种基因组分析任务，包括基因组比对、基因家族研究、基因组重复序列分析等。它能够帮助研究人员快速获得有关基因组结构和进化的重要信息，为生物信息学研究提供强大的工具和支持。

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