用k-mer分析进行基因组调查：（二）用jellyfish进行k-mer频数统计

(全文约1520字)

【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeScope2.0做多倍体物种的基因组调查。

1. k-mer进行基因组调查的软件

k-mer进行基因组调查分为k-mer频数统计和基因组特征评估两步。

• jellyfish可以实现第一步k-mer频数统计。
• jellyfish的结果sample.histo可以用在GenomeScope上，实现第二步基因组特征评估。

2. jellyfish 简介

jellyfish是Center for Bioinformatics and Computational Biology在2011年研发的一款对DNA的k-mers计数的软件，用Hash表储存数据，能多线程运行。

3. jellyfish 安装

1. conda安装

• conda install -c bioconda jellyfish #安装的是v2.2.10

2. github安装

• 在github：jellyfish上通过源码安装。

4. jellyfish 运行

一般先用jellyfish count进行k-mer计数，