用k-mer分析进行基因组调查：（六）用KmerGenie一步实现

（全文约1800字）

【推荐】用Smudgeplot评估物种倍性后，用组合jellyfish+GenomeScope1.0做二倍体物种的基因组调查，用组合KMC+GenomeScope2.0做多倍体物种的基因组调查。

1. k-mer进行基因组调查的软件

k-mer进行基因组调查分为k-mer频数统计和基因组特征评估两步。

• KmerGenie可以同时实现两步。第一步k-mer频数统计和第二步基因组特征评估。
• KmerGenie第一步的结果可用于其他软件第二步基因组特征评估。
• KmerGenie可以同时分析多个预设的k-mers，并选出一个最佳基因组组装k-mer值。

2. KmerGenie 简介

• KmerGenie在2014年第一次发表，2018年最近一次更新。开发用于基因组组装的参数k的最佳值的选择。
• KmerGenie官网：http://kmergenie.bx.psu.edu/。
• 官网包含软件的下载地址，示例报告，和版本更新记录。

3. KmerGenie 安装

在KmerGenie官网：http://kmergenie.bx.psu.edu/ 下载，目前最新版是18年更新的1.7051。

安装前需要python（>=2.7）和R支持，我用的anaconda的python，安装运行完成后自动把kmergenie命令添加到了/anaconda3/bin/下面，所以不用再