PTMD2.0-疾病相关的翻译后修饰数据库

翻译后修饰（PTMs，post-translational modifications）通过调节蛋白质功能参与了几乎所有的生物学过程，而 PTMs 的异常状态常常与人类疾病相关。在此，PTMD 2.0展示与疾病相关的 PTMs 综合数据库，其中包含 93 种 PTM 类型、涉及 15105 种蛋白质的 342624 个 PTM - 疾病关联（PDAs，PTM–disease associations）以及 2083 种疾病。基于疾病中不同的 PTM 状态，数据库已将所有的 PDAs 分为六类：PTM 水平的上调（U）或下调（D）、PTM 的存在（P）或缺失（A）以及 PTM 位点的产生（C）或破坏（N）。数据库为每个 PDA 提供了详细注释，并通过整合来自 101 个涵盖 13 个层面的额外资源的知识，对疾病相关蛋白质进行了详细注释，这些层面包括疾病相关信息、变异和突变、蛋白质 - 蛋白质相互作用、蛋白质功能注释、DNA 和 RNA 元件、蛋白质结构、化合物-靶标关系、mRNA 表达、蛋白质表达/蛋白质组学、亚细胞定位、生物学途径注释、功能域注释和理化性质。该数据库数据量约为 8GB，PTMD 2.0 将成为进一步分析 PTMs 与疾病之间关系的基础资源。

原文请参考：Xinhe Huang, Zihao Feng, Dan Liu, Yujie Gou, Miaomiao Chen, Dachao Tang, Cheng Han, Jianzhen Peng, Di Peng, Yu Xue, PTMD 2.0: an updated database of disease-associated post-translational modifications, Nucleic Acids Research, Volume 53, Issue D1, 6 January 2025, Pages D554–D563, https://doi.org/10.1093/nar/gkae850

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背景概述

翻译后修饰（PTM）是调控多种生物过程的最重要机制之一。各种 PTM 通过改变残基疏水性和稳定性来调控蛋白质结构和功能动态。迄今为止，已发现 680 多种 PTM (http://www.uniprot.org/docs/ptmlist.txt)，其中磷酸化和泛素化由于在细胞中含量丰富而研究最多。1992 年，Edomond H. Fischer 和 Edwin G. Krebs 因发现可逆蛋白质磷酸化作为一种​​生物调控机制而获得诺贝尔生理学或医学奖，该机制随后与调控信号转导、细胞骨架重排和细胞周期进程等其他关键细胞过程密切相关。 2004 年，欧文·罗斯 (Irwin Rose)、阿隆·切哈诺沃 (Aaron Ciechanover) 和阿夫拉姆·赫什科 (Avram Hershko) 因发现泛素化是蛋白酶体降解蛋白质的可转移信号而获得诺贝尔奖。此外，乙酰化等其他修饰通过修饰组蛋白和非组蛋白来调节转录和细胞代谢。

随着 PTM 研究的快速发展，越来越多的证据表明，异常的 PTM 状态通常与多种人类疾病有关，例如神经退行性疾病、癌症和糖尿病。例如，microtubule-associated protein tau (MAPT) 的位点特异性磷酸化可抑制淀粉样蛋白-β 毒性，这为阿尔茨海默症 (A