为啥我安装R包总出现‘...had non-zero exit status.‘？？

事情的起因是这样的，我想在R Studio中安装github中的包，执行了以下代码：

install.packages("devtools", dependencies = TRUE, type = "binary")
library(devtools)
install_github('yuabrahamliu/eClock')

然后就报下方错误：

installation of package
‘C:/Users/Admin/AppData/Local/Temp/RtmpMJDqM2/file93420cd3b9d/eClock_1.0.0.tar.gz’
had non-zero exit status

之前也遇到过类似错误’…had non-zero exit status’，解决办法参考了https://zhuanlan.zhihu.com/p/438451509，对于CRAN包真的有解决，但这个有些不大一样，也就是加上 type=“binary” 也还是报错。

于是我开始了解决之路，首先尝试了不同的R语言安装github包的方法，参考https://blog.csdn.net/tandelin/article/details/103634548，然鹅，三种方法（1，2，4）都尝试了还是不行！

我继续针对之前的报错信息进行解决，有一条错误是这么提示的：

ERROR: dependencies ‘AnnotationDbi’,
‘IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19’, ‘bumphunter’,
‘org.Hs.eg.db’, ‘TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene’,
‘GenomicFeatures’, ‘GenomicRanges’, ‘IRanges’ are not available for
package ‘eClock’
* removing ‘G:/Program Files/R/R-4.2.1/library/eClock’

我先是尝试安装缺失的依赖包，发现安装不了，报错信息如下：

> install.packages("AnnotationDbi", dependencies = TRUE, type = "binary")
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:

https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/
Warning in install.packages :
  package ‘AnnotationDbi’ is not available as a binary package for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

> install.packages("AnnotationDbi", dependencies = TRUE)
WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:

https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/
Warning in install.packages :
  package ‘AnnotationDbi’ is not available for this version of R

A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

根据提示信息‘package ‘AnnotationDbi’ is not available as a binary package for this version of R’，我想是不是R版本的问题，于是，我换用了不同的R版本，前前后后，安装了五个！R-3.6.3, R-4.2.1, R-4.0.2, R-4.1.0, R-4.1.3，这个问题仍没解决。

最开始使用的是R-3.6.3，错误提示’eClock 要求R版本>=4.0.2’；
于是我下载安装了R-4.2.1， 报的错误就是上方的依赖包 are not available错误；
以为是版本问题，又下载安装了R-4.0.2，报错提示‘devtools是用R版本4.0.5来建造的’；
又下载安装了R-4.1.0，报错提示‘devtools是用R版本4.1.3来建造的’；
我忽然理解了之前提示的R-4.0.5，于是又下载安装了R-4.1.3，
但是，仍然报了和之前同样的错误，即：

ERROR: dependencies ‘AnnotationDbi’,
‘IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19’, ‘bumphunter’,
‘org.Hs.eg.db’, ‘TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene’,
‘GenomicFeatures’, ‘GenomicRanges’, ‘IRanges’ are not available for
package ‘eClock’
* removing 'G:/Program Files/R/R-4.1.3/library/eClock

又仔细看了install.packages(“AnnotationDbi”, dependencies = TRUE)的报错信息，里面有提到Rtools，于是去https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/下载安装了rtools40-x86_64.exe，再次安装‘AnnotationDbi’仍然报同样错误，并且程序似乎没有找到Rtools，仍然显示：

WARNING: Rtools is required to build R packages but is not currently installed. Please download and install the appropriate version of Rtools before proceeding:>
https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/

猜测可能是没有重启Rstudio，之后重启试试，再就是根据提示信息来这看看https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages。

重启之后，再安装‘AnnotationDbi’果然没有报Rtools的错误了，但仍然提示：

Warning in install.packages :
package ‘AnnotationDbi’ is not available for this version of R
A version of this package for your version of R might be available elsewhere,
see the ideas at
https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages

看来接下来只能在上面提示的网址中找找解决办法了。

通过阅读，了解到了Install Packages的相关内容，部分如下：

• packages的提供方式可能有两种，一种是source package，一种是binary package，前者在安装时需要提前安装编译器及相关工具，而后者则不需要，直接安装就好。这也就解释了为什么我在安装有些package时，直接install.packages(“pkg”)不行，但说明type='binary’之后就可以安装成功了。
• 当package在不止一个library中含有时，安装时需要制定安装的是哪个library里的package，如果不指定则默认安装检索到的第一个library里的内容。
• 确保环境变量里的TMPDIR未进行设置，/tmp路径是存在的，且有写入和执行的权限，或者TMPDIR是有效的绝对路径，不包含空格。
• 对于CRAN包和联网可获得的包，大部分情况下使用install.packages(“pkgname”)就可以安装了，或者相应的GUI也行。
• 如果需要安装多个包，使用install.packsges(c(‘pkg1’, ‘pkg2’, …))。
• 如果想获取一个软件包及它的相关依赖，使用dependencies=TRUE即可。
• 通过将参数repo设置为NULL，可以从本地.tar.gz文档或url中安装源包。
• 可以查看一些存储库，包括CRAN mirror, Bioconductor, R-forge, rforge.net, local archives, local files, … 使用函数setRepositories()进行选择。
• 当install.packages报告找不到一些包时，可能的原因有：
• 1. 这个包是R本身的一部分，且其他地方不可用；
• 2. 软件包不在可用的存储库中；
• 3. 这个包是可获取的，但是不适用于当前的R版本或系统，使用av <- available.packages(filters=list())
     av[av[, “Package”] == pkg, ] 检索有关软件包 pkg 的可用版本的信息；
• 不要忘记，安装了软件包之后需要使用library导入后，才能正常使用该功能。

搜索发现，AnnotationDbi在Bioconductor库中，https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/AnnotationDbi.html，使用如下安装方法，即可安装成功。

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")

BiocManager::install("AnnotationDbi")

由于之前的报错信息说环境缺少多个依赖包，于是统统安装：

if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")

BiocManager::install(c('AnnotationDbi', 'IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19', 'bumphunter', 
                       'org.Hs.eg.db', 'TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene', 'GenomicFeatures', 
                       'GenomicRanges', 'IRanges'))

之后再运行代码，我所需要的包终于安装成功了！！！

library(devtools)
install_github('yuabrahamliu/eClock')

害，太不容易了，终于搞定了，我想下次再遇到‘…had non-zero exit status.‘的R包安装失败问题，我能够有方向性的解决了，这就是收获吧！下面总结一下，如果你在安装某个R包时采用install.packages(“pkgname”)也遇到了‘…had non-zero exit status.‘这种情况，可以先从以下方面进行解决：

1. 确定安装包所需要的R版本和系统是否满足；
2. 安装时添加属性type=‘binary’和dependencies = TRUE，即install.packages(“pakgname”, type=“binary”, dependencies = TRUE)；
3. 如果仍然提示依赖包不可获得，尝试换用其他repositories；

如果上述方法皆不能解决，要认真阅读报错信息，根据提示信息进行检查和调整，也可以浏览https://cran.r-project.org/doc/manuals/r-patched/R-admin.html#Installing-packages获得更多信息。

最后，希望大家的问题都可以得到解决！