cBioPortal(cBio Cancer Genomics Portal综合分析癌症基因和临床资料)
• 官方网址: www.cbioportal.org/
• 简介: cBioPortal 网站整合了126个肿瘤基因组研究的数据,包括TCGA和ICGC等大型的肿瘤研究项目,涵盖了两万八千例标本的数据,此外部分样品还包括了临床预后等表型的信息。cBioPortal无需注册就能直接使用,而且提供一些小工具方便用户生成文章级别的图表,非常贴近用户的需求。
• 研究背景
随着芯片和高通量测序技术的广泛应用,在肿瘤研究领域积累了越来越多的基因组学数据,特别是像The Cancer Genome Atlas(TCGA)、International Cancer Genome Consortium(ICGC)等大型肿瘤基因组测序计划的启动和完成,积累了大量的基因组学数据,这些数据至今为止已经占据了NCBI等公共数据库的半壁江山,同时也产生了各种各样的数据库以满足不同的研究需求。
对数据库的灵活运用已经成为科研工作者所必须掌握的基本技能,对于这些数据库,数量非常多,很多人都在问有没有一个数据库能一次得到多个结果,学习肿瘤基因组学数据库的利器:cBioPortal 网站。
cBioPortal数据库使用
1 cBioPortal 简介
2 主界面介绍
3 在线分析
3.1 选择各种参数
3.2 查看检测结果(oncoprint)
3.2.1 工具栏的功能(1)
3.2.2 工具栏的功能(2)
3.3 查看检测结果(Cancer Types Summary)
3.4 查看检测结果(Mutual Exclusivity)
3.5 查看检测结果(Plot)
3.5 查看检测结果(Mutations)
3.5 查看检测结果(Co-Expression)
3.5 查看检测结果(Enrichments)
3.5 查看检测结果(Network)
4 功能栏的设置
5 检测结果下载
参考文章:
- 查看TCGA肿瘤数据,并用图形化界面进行分析:
http://www.360doc.com/content/19/1224/13/68068867_881785176.shtml
https://blog.csdn.net/weixin_43569478/article/details/108079564?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-title-1&spm=1001.2101.3001.4242 - cBioPortal数据库的使用教程:
http://www.360doc.com/content/20/0502/21/45852776_909857256.shtml
https://blog.csdn.net/yjj18636810884/article/details/86612148 - 参考文档:cBioPortal数据库
https://wenku.baidu.com/view/35e59bb076c66137ee0619d0.html