生物信息学【2】：相关学习资料

最新推荐文章于 2022-09-18 21:54:31 发布
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： 生物学
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版权

由于最近在做BRCA-lncRNA相关的生信课题研究，于是收藏了一些学习网站，提供给大家一起学习。
 

• 论文
（1）：Molecular subtyping reveals immune alterations in IDH wild‐type lower‐grade diffuse glioma 这是一篇免疫分子分型的肿瘤免疫论文，挺不错的。
（2）：Estimating the population abundance of tissue-infiltrating immune and stromal cell populations using gene expression 这是一篇介绍MCP-counter的论文，做肿瘤免疫浸润必看。

 
 
 
• 论文网站
（1）两篇文章告诉你lncRNA的主要研究思路 ：
https://www.sohu.com/a/150332715_278730
（2）lncRNA预后signature：
https://www.jianshu.com/p/3c5eaedf4c87
（3）如何预测lncRNA靶基因？http://www.360doc.com/content/16/1111/12/19913717_605626019.shtml
（4）lncRNA相关信号通路年终大盘点：http://www.360doc.com/content/20/0827/11/71281349_932455643.shtml

ZhuNian的学习乐园
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ISO22000培训资料.pptx
06-06
ISO22000食品安全体系 培训 ISO22000培训资料全文共48页，当前为第1页。 一：ISO22000食品安全体系介绍 ISO22000培训资料全文共48页，当前为第2页。 1.定义 ISO22000：2005标准整合了国际食品法典委员会（CAC）制定的危害分析和关键控制点（HACCP）体系和实施步骤；基于审核的需要，本标准将HACCP计划与前提方案(PRPs)相结合。本标准主要起草单位：中国标准化研究院、国家认证认可监督管理委员会注册管理部、中国认证机构国家认可委员会、农业部畜牧局、卫生部卫生监督中心、商务部屠宰技术鉴定中心、中国质量认证中心、中检集团认证中心、方圆标志认证中心等。 ISO22000培训资料全文共48页，当前为第3页。 2.ISO22000与ISO9000、HACCP的关系 ISO9000 ISO22000 HACCP ISO22000培训资料全文共48页，当前为第4页。 2.1 ISO9000与HACCP比较 ISO9000八项原则 以顾客为观注点； 领导的作用； 全员参与； 过程方法； 系统化管理方法； 持续改进； 根据事实作决策； 与供方互利的关系。 执行方法: 做我所写,写我所做 改进原理： PDCA HACCP（7个原理） 危害分析； 确定关键控制点； 确定关键限值； 建立监控程序； 建立纠正措施； 建立记录保存程序； 建立验证措施。 改进原理： PDCA ISO22000培训资料全文共48页，当前为第5页。 2.2 ISO9000文件架构与HACCP文件结构比较 HACCP GMP SSOP HACCP计划书 1）危害分析 物理, 生物 化学 2）CCP PDCA,预防为先 ISO9000 质量手册 程序文件 作业标准书 记录 ISO22000培训资料全文共48页，当前为第6页。 二：ISO22000食品安全体系学习 ISO22000培训资料全文共48页，当前为第7页。 1. ISO22000食品安全管理体系的构成 领导的作用 以事实为依据 过程方法 系统化管理方法 持续改进 GMP SSOP HACCP计划 + ISO9000 HACCP + PDCA ISO22000培训资料全文共48页，当前为第8页。 1.1难点 过程方法： 将相关的资源和活动作为过程进行管理，可以更高效地取得预期结果。流程图方法 管理的系统方法： 针对设定的目标，识别、理解并管理一个由相互关联的过程所组成的体系，有助于提高组织的有效性和效率。木水桶的围板原理。 ISO22000培训资料全文共48页，当前为第9页。 2. 食品安全体系总目录 1.范围 2.规范性引用文件 3.术语和定义 4.食品安全管理体系 总要求 文件和记录管理 5.管理职责 管理承诺 食品安全方针 食品安全体系策划 职责权限 食品安全小组 沟通 应急准备和响应 管理评审 6.资源管理 人力资源 基础设施 工作环境 7.安全产品的策划和实现 前提方案 危害分析 操作性前提方案 HACCP计划 信息文件更新 验证策划 可追溯性系统 不符合控制 8.食品安全管理体系的确认、验证和改进 控制措施组合的确认 监视和测量的控制 食品安全体系的验证 内审 单项验证结果评价 改进 ISO22000培训资料全文共48页，当前为第10页。 ISO22000培训资料全文共48页，当前为第11页。 三. 食品安全体系条文介绍 ISO22000培训资料全文共48页，当前为第12页。 1.范围 本标准规定了食品安全管理体系的要求，以便食品链中的组织证实其有能力控制食品安全危害，确保其提供给人类消费的食品是安全的。 本标准适用于食品链中任何方面和任何规模的、希望通过实施食品安全管理体系以稳定提供安全产品的所有组织。组织可以通过利用内部和（或）外部资源来实现本标准的要求。 2.规范性引用文件 部分术语引用：ISO9000-2000 ISO22000培训资料全文共48页，当前为第13页。 3.1 食品安全 food safety 食品在按照预期用途进行制备和（或）食用时，不会对消费者造成伤害的概念。 注2：食品安全与食品安全危害（3.3）的发生有关，但不包括与人类健康相关的其他方面，如营养不良。 3.2 食品链 food chain 从初级生产直至消费的各环节和操作的顺序，涉及食品及其辅料的生产、加工、 分销、贮存和处理。 注1：食品链包括食源性动物的饲料生产，和用于生产食品的动物的饲料生产。 注2：食品链也包括与食品接触材料或原材料的生产。 3.3 食品安全危害 food safety hazard 食品中所含有的对健康有潜在不良影响的生物、化学或物理的因素或食品存在 状况。 注 2：术语"危害"不应和"风险"混淆。对食品安全而言，"风险"是食品暴露于特定危害时， 对健康产生
友善用脑培训资料.doc
06-06
友善用脑培训资料 A、学习理论: 1、神经科学研究为老师和学生提供了有用的信息。 2、人类大脑总是持续不断地生长和变化，在脑细胞之间不断产生联接来组织和贮存记忆 （在睡觉时） 3、通过眼、耳、触摸、运动、品尝、嗅闻、情感产生的感官经历和作为想象和做梦的结 果，这些会促成新的 神经结构（路径和联接） 4、学习是形成新的大脑路径联接的过程，新的行为出现了。人们在学新的东西时，他们 会做一些新的事情或会用不同方式做一些事情。新的结构必须与已经存在的结构相接， 新的知识必须与旧的知识相接。 5、 感官经历越强烈，产生的大脑路径和联接也越明显和牢固，因而表现为强的记忆力，记 忆深了也容易回忆。在 回忆的过程中，记忆路径被激活了，一些技能（说话、写作、画画、行动）被用来表明 这种记。 6、重复或复习的经历也增强记忆路径和帮助回忆。 7、 当大脑中的有益化学物质，也叫做神经递质，处于好的平衡状态时大脑就会容易地生长 。所有这些都依赖于食物中的 蛋白质和矿物质，是它们在大脑和身体间传递信息，控制所有的神经、身体和心理活动 （思考、做事和情感） 8、 能力在任何时候都是大脑在那个时候的状态。它依赖于：遗传基因\贮存在记忆中的先前 经历\目前的条件及状态（状况） 9、 友善用脑的信念：当神经、身体和心理状况有利于有益的神经递质自由流动时，学习便 是一个自然容易的过程。 B、总览友善用脑教学原理 教是一个双向交流过程， 老师和学生之间彼此互相听和讲。他们彼此之间通过写、数字、行动和多种形式的可视 物进行交流。老师的工作就是管理学校经历以便学生学到教学大纲要求的知识、技能和 态度。 学习是一个自然过程，是随生活自动发生的。学习是生理学的：神经、身体和心理的变 化是个人对经历的反应。 友善用脑方法有助于学生的的神经、身体和心理条件改善，以便他们更容易、更自然地 思考、工作和学习。 友善用脑教学方法是基于神经科学的研究。研究大脑的科学家发现什么有助于，什么有 碍于自然学习的发生。老师和学生再使用有助于有效学习的方法。 教学环境背景，是教学发生的总体景况。它指学校教学大纲、学生、学校/教室环境及学 校领导和教课老师所使用的方法。 造成学习问题的原因:过度的紧张和压力 C、什么有助于学习？ 好消息！友善用脑方法克服学习障碍，是通过减少过度紧张压力产生的效果。当过度紧 张压力产生的效果被减少时，整个大脑的自然功能就被恢复了，因此学生们可自然地思 考，工作和学习。 友善用脑平衡：当学生们在教室和学校既感到安全和舒服，同时也感到有趣和兴奋时， 紧张压力造成的效果就可降到最低。 当教师通过做到以下两条而使学生在课堂上处于好的状态时，学习的革命就会产生了。 a 营造一个友善用脑的环境 b帮助每个学生大脑健康地从事课堂活动和学习研究 D、大脑健康 大脑健康是指为创造出最好的课堂学习和行为，大脑神经，身体和情绪这三者的条件和 状态。在这种条件下自然的大脑的功能是最佳的。友善用脑的水平受到生理因素（内部 ）和环境因素（外部）的影响。 保持课堂里大脑健康需要持续稳定的提供以下： 1能量:好的营养习惯，在学校的友善用脑时间有合适的食物。 2水:在学习期间饮用大量纯净水和没有咖啡因和糖的饮料。 3氧气:好的呼吸习惯与好的姿势、运动和放松的说笑相配合。 4身体放松:晚上充足的睡眠是必须的。在学校身体平静放松可使大脑积极活跃。 5身体/大脑平衡:左右脑的强势连接使最佳的脑活动在教室产生。 6个体的选择和原因:学生有自我调控意识，因为他们自己的原因可做出某些选择。 7鼓励:学生需要从教师那里得到帮助性反馈和意见，同时他们也会给予自己同样的信息 。 8积极性:享受和愉快的情绪和达到目标的成绩是必须的。以上所有这些都和面对计划， 思考和工作时的积极态度相关。 E、友善用脑环境 神经系统研究表明内在的（生物学上的）和外在的（环境）条件影响大脑健康，因而也 影响用在课堂活动和个人学习上的时间的有效性。 受影响的情感的环境：教师和学生在学校和教室感觉如何直接影响他们思考，工作和学 习的能力。学校和教师必须确保每天使用友善用脑的方法以便学生们既感到安全又感到 兴奋，最大限度地发挥大脑功能。 1、学生知道整体课程和每节课的目标和结果。 2、学生对周围的环境感到安全和舒适，对教学大纲的内容感到有把握和信心。他们也感 到面对挑战时的兴奋和在出现危险时，他们会得到帮助。 3、学生感到他们和他们付出的努力被欣赏，肯定和尊重。他们也及时经常地得到鼓励性 的反馈（意见和建议） 4、学生在自我监督和自我评价时得到指导和鼓励。 5、在教学的内容和过程中使用正面积极、肯定性的语言以达到有效有力的交流和沟通。 6、教学的内容和进行的过程都与真实的生活密切相关。 7、教学的内容和进行的过程是有趣的，也是快乐享受的。学生们
immunedeconv:免疫解卷积方法的统一接口（CIBERSORT，EPIC，quanTIseq，TIMER，xCell，MCPcounter）
04-30
一个R包，用于统一访问从大量RNA测序数据估算免疫细胞组分的计算方法。 基本用法 immunedeconv :: deconvolute( gene_expression_matrix , " quantiseq " ) 其中gene_expression_matrix是一个矩阵，其中的基因排成行，样本的列成列。 行名必须是符号，而列名必须是样本名称。 该方法可以是以下方法之一 quantiseq timer cibersort cibersort_abs mcp_counter xcell epic 有关更详细的使用说明，请参阅文档： 。 。 可用方法，许可，引用 请注意，尽管immunedeconv本身是免费的（ ），但您可能需要获得使用单个方法的许可证。 有关更多信息，请参见下表。 如果您在工作中使用此程序包，请同时引用我们的程序包和使用的方法。 Sturm，G.，Fino
专业引物设计软件，专为DNA研究人员开发的引物设计辅助软件，可以用来设计和分析pcr引物，帮助生物从业人员去更好了解dna
05-04
oligo 7是一款着名的引物设计软件，程序具备基于最近邻热力学数据，低聚糖的搜索算法寻找最佳引物PCR，包括TaqMan、高度多路复用，共识或简并引物，支持多个文件的批处理，适合于生物学中的应用。 软件功能 1、正向引物和反向引物选中后，能自动产生PCR实验条件和PCR产物信息 2、分析显示在选中的正向引物或反向引物中基本的成份和溶解温度 3、精确地分析出生物信息软件中的错配位点 4、分析TM和内部稳定性，绘制溶解温度图和稳定性图 5、给出寡核苷酸的重要相关信息 6、显示正向引物、反向引物和当前的OLIGO里潜在的连接物，潜在的二聚物也可显示出来 软件分为三种图，分别为Frq图、Tm图和ΔG图，能够更好的帮助初学者进行软件的使用和学习。另外该如软件还具备基于最近邻热力学数据，低聚糖的搜索算法寻找最佳引物PCR，包括TaqMan、高度多路复用，共识或简并引物，支持多个文件的批处理，非常适合使用与生物和化学中。
教育技术培训教程集中学习笔记.doc
12-25
教育技术培训教程集中学习笔记 第一课时 模块1：准备模块 小活动 热身活动1： 完善个人资料 这个活动是为了帮助你完善个人资料，包括确认你的姓名、修改登录密码、添加 E- mail地址、省市地区、身份证号及个性照片等。方便教师及学习伙伴认识你，并能与你 建立基本的联系。 活动要求： 1.现在你已经登录了教学平台，请进入页面左侧下方的功能菜单 [信息概要 ]，进入后点击 [编辑个人资料 ]完善个人详细资料的填写。 2.点击页面下方按键 [更改密码 ]，进入更改密码页面，修改自己的密码。请记住自己修改后的密码，修改后可以尝试退 出平台，重新登录以确认密码。 第二课时 热身活动2：阅读课程信息 为了你能对本课程及本次培训有基本的了解，以保证后续学习的顺利进行，请你详细阅 读课程提供的相关信息。 活动要求： 在平台上的课程信息栏，我们为你设置了包括课程概述、技术帮助、时间安排、评价方 式等四方面的课程基本信息。 请你仔细阅读，从而了解课程设置的基本情况包括学习目标、学习资源和学习支持情况 、课程进度安排、评价方式等，以便跟上学习进度，提高学习的效率，优化此次培训的 效果。 第三课时 热身活动3：打破坚冰 这个活动是向大家介绍你自己，同时也给你结识新朋友的机会，让我们这个"网络班级" 的学员相互认识。 活动要求： 1.确认自己所属的小组 在平台左侧的［管理］菜单中，你可以找到［信息概要］的链接，点击后，进入［编辑 个人资料］功能菜单。 点击标签栏中的［信息概要］标签，你可以看到自己所属的小组。一般以A、B、C、D、 E、F形式出现。 2.查看自己小组成员名单 点击平台上工具栏中［师生名录］，查看自己所在小组的成员名单及他们的基本信息。 MDCC移动开发者大会精彩荟萃智能硬件 移动开发 产品体验 粉丝经济 社交游戏3.给辅导教师发送邮件，介绍你自己 第四课时 阅读与测验 初识教育技术 教育技术是什么？为什么要学习教育技术？它将如何改变我的教学……？当你参加到这个 培训中时，你头脑中可能会萦绕着这样一些问题。那么，请观看下面的这些案例，与教 育技术进行一次亲密接触。 小案例1： 小学语文《比尾巴》的教学中，教师让学生讨论"松鼠的尾巴像什么" [观看] 小案例2： 小学数学课《快乐的星期六》上课片断。 [观看] 小案例3： 初中生物课"观察洋葱表皮细胞"的实验中，教师将计算机与显微镜相连，将学生实验小 组制作的洋葱表皮切片呈现给全体学生，并讨论实验现象。 [观看] 小案例4： 高中物理课中，教师利用模拟实验软件模拟平抛物体运用，以说明平抛运动有什么特点 。 [观看] 小案例5： 高中物理课中，教师提出问题，学生使用"课堂应答系统"答题，教师的答题情况可以马 上显示在计算机屏幕上。 [观看] 小活动 请在你的笔记本上回答下列问题： 在上述的例子中，技术在课堂教学中可以起到哪些作用？ 你认为技术还可以在教育教学中起哪些作用？ 你所任教的班级中，存在哪些困扰你的问题希望技术帮助解决？ 到现在为止，你是如何理解教育技术的？在教学过程中运用了计算机和网络就是已经掌 握了教育技术吗？ 第五课时 了解教育技术 教育技术的基本含义 1994年美国教育传播与技术协会（AECT）对教育技术做出如下定义：教育技术是对学习 过程和学习资源的设计、开发、运用、管理和评价的理论和实践。 这一定义通常被称为AECT'94定义，其概念框架可以用下图说明。 小活动请你合上书本或者离开电脑，在你的笔记本上回答下列问题: 教育技术以什么为研究对象？ 教育技术的研究内容包括哪5个方面？ 第六课时 阅读测验 本测验包括5道题目，计 40分。测验是对你的阅读成绩的检查，为了取得好成绩，你需要认真阅读有关的学习材 料。 请注意：测验只能提交一次，所以，请您在认真阅读的基础上完成测验。你没有一次一 次尝试正确答案的机会。 第七课时 模块2：教学目标和学习者分析 了解学习理论 1、什么是学习 小活动 什么是学习？如果认真考虑的话，这也并非一个简单的问题。考虑下面这三个例子，它 们是学习的例子吗？ 1、一个幼儿迈出了她的第一步。 2、当儿童看医生拿着针筒走过来时，他感到害怕。 3、一个女孩在学会如何做乘法后发现，乘以5的另一种方式是：用2除后再乘以10（如， 428*5可以表示如下：428/2*10＝214*10＝2140）。 (点击查看活动提示) 学习通常被定义为因经验而导致的个体的改变。随着发展而产生的改变（如变得越来越 高）不是学习的例子。个体在出生时表现出来的特性（如对饥饿或疼痛的反射和反应） 也不是学习。然而，人类从出生那天（或许更早）起就开始了学习，以至于很难将学习 和发展截然分开。 ——罗伯特·斯莱文著，姚梅林等译，《教育心理学理论与实践》第7版，人民 邮电出版社，2004.7，
RNA 25. SCI文章中估计组织浸润免疫细胞和基质细胞群的群体丰度(MCP-counter)
weixin_41368414的博客
08-11 1735
基因表达估计组织浸润免疫细胞和基质细胞群的群体丰度的软件包——MCP-counter
这篇肿瘤免疫相关的5分+干湿结合生信文章套路值得一看
leroylee7的博客
11-05 1526
今天给大家带来一篇肿瘤免疫相关的5分+干湿结合生信文章。2020年3月发表在“Journal of Pathology”上，题名为“Molecular subtyping reveals immune alterations in IDH wild-type lower-grade diffuse glioma”。全文包含6个Figure和1个Table，接下来我们一起康康免疫相关的生信文章套路是如何应用的吧！ 研究背景 本篇范文研究的主要问题是弥漫性低度胶质瘤(LGG)。与胶...
Linux and Git
weixin_50995831的博客
11-16 270
计算机系统由硬件（hardware）和软件（software）两部分构成。 硬件：运算器、控制器、存储器（RAM）、输入设备、输出设备 软件：系统软件和应用软件 操作系统（Operating System）：直接覆盖在硬件上的软件， 提供人机交互的接口（界面）。 ~ Windows （Server、Advanced Server、Data Center） ~ Macintosh —> macOS ~ Unix —> AIX / Hp-Ux / Solaris ~ Linux 1946 ENIAC
该如何自学入门生物信息学
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Van-Nya：我的博客和个人资料的来源
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05-30 350
CROSS-REFERENCE TO RELATED PATENT APPLICATIONSThe present application is continuation of U.S. patent application Ser. No. 10/502,565 file on Jul. 22, 2004, which is a National Phase Application of Int...
关于__Federico Milano 的电力系统分析工具箱.zip
04-26
1.版本：matlab2014/2019a/2021a 2.附赠案例数据可直接运行matlab程序。 3.代码特点：参数化编程、参数可方便更改、代码编程思路清晰、注释明细。 4.适用对象：计算机，电子信息工程、数学等专业的大学生课程设计、期末大作业和毕业设计。
mlab-upenn 研究小组的心脏模型模拟.zip
04-26
1.版本：matlab2014/2019a/2021a 2.附赠案例数据可直接运行matlab程序。 3.代码特点：参数化编程、参数可方便更改、代码编程思路清晰、注释明细。 4.适用对象：计算机，电子信息工程、数学等专业的大学生课程设计、期末大作业和毕业设计。
混合图像创建大师matlab代码.zip
04-26
1.版本：matlab2014/2019a/2021a 2.附赠案例数据可直接运行matlab程序。 3.代码特点：参数化编程、参数可方便更改、代码编程思路清晰、注释明细。 4.适用对象：计算机，电子信息工程、数学等专业的大学生课程设计、期末大作业和毕业设计。
中序遍历二叉树-java版本
04-26
在Java中，实现二叉树的中序遍历同样可以通过递归来完成。中序遍历的顺序是：首先递归地中序遍历左子树，然后访问根节点，最后递归地中序遍历右子树。 在这段代码中，Node类定义了二叉树的节点，BinaryTree类包含一个指向根节点的指针和inOrder方法，用于递归地进行中序遍历。printInOrder方法调用inOrder方法并打印出遍历的结果。 在Main类中，我们创建了一个示例二叉树，并调用printInOrder方法来输出中序遍历的结果。输出应该是：4 2 5 1 3，这表示中序遍历的顺序是左子树（4），然后是根节点（2），接着是右子树的左子树（5），然后是右子树的根节点（1），最后是右子树的右子树（3）。
无头单向非循环链表的实现（SList.c）
最新发布
04-26
无头单向非循环链表的实现（函数定义文件）
两个有序链表的合并pta
04-26
"PTA" 通常指的是一种在线编程平台，例如“Pata”或者某些特定学校或组织的编程练习与自动评测系统。在这种平台或系统中，学生或程序员会提交代码来解决各种问题，然后系统会自动运行并评测这些代码的正确性。 当提到“两个有序链表的合并PTA”时，这通常意味着在PTA平台上解决一个特定的问题，即合并两个有序链表。具体任务可能是给定两个已按升序排序的链表，要求编写代码来合并这两个链表，形成一个新的有序链表。
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总体来说，Dragonfly资料包是一个有关蜻蜓的全面资料资源，它提供了关于蜻蜓形态、生命周期、行为特征等方面的丰富信息。对于研究和了解蜻蜓的人们来说，这个资料包是一个非常宝贵的参考工具。无论是对于学生、教师...

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