linux安装FSL

1. 进入FSL官网
2. 点击下载FSL
3. 完成注册，就会得到fslinstaller.py 脚本
4. 切换到默认目录

	cd ~/Downloads

5. 运行下载脚本

	python2 fslinstaller.py

6. 下载过程很慢，建议科学上网
7. 检查是否下载成功

	#检查环境是否正确
	echo $FSLDIR
	#这里应该显示安装FSL目录的名称。默认在 /usr/local/fsl
	
	#检查路径是否正确
	flirt -version
	#这里应该显示FLIRT version 6.0（版本号会有区别）
	
	#检查 miniconda 环境安装是否成功完成
	which imcp
	#这里应该显示如下一行：
	/usr/local/fsl/bin/imcp

8. 如果以上命令有任意一个不显示，则表示没有完全安装成功，按照官网提示，操作如下：

	#故障排除：安装后缺少命令
    #如果在安装 FSL 后，FSLeyes 丢失，或者您遇到诸如 imcp：没有此类文件或目录（或引用 imglob 或 immv 的类似错误）之类的错误，则表示安装未成功完成。若要解决此问题，请按照下列步骤操作（如果将 FSL 安装到 /usr/local/fsl/ 以外的位置，则可以省略 sudo）：
    #检查是否存在名为目录。
    $FSLDIR/fslpython
    #若存在，则删除。
    sudo rm -r $FSLDIR/fslpython
    #重新安装缺少的组件。
    sudo $FSLDIR/etc/fslconf/fslpython_install.sh -f $FSLDIR
    #请注意，这将导致下载大量数据 - 快速可靠的互联网连接是必要的，以便安装成功完成。

9. 在重复8的命令后，还有报错如下（未修复成功，但是可以使用）:
   Failed to create FSL Python environment - see /tmp/fslpythongBNe/fslpython_miniconda_installer.log for details
   解决方案

	curl -o miniconda_installer.sh -L --fail https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
	echo $?
	md5 miniconda_installer.sh（md5输入报错，md5sum成功）
	#进入.sh
	cd $FSLDIR/etc/fslconf
	sudo gedit fslpython_install.sh
	#修改
	dl_cmd_opts="--fail"
	#为
	dl_cmd_opts="--fail -L"
	#执行
	sudo rm -r $FSLDIR/fslpython
	sudo $FSLDIR/etc/fslconf/fslpython_install.sh  -f  $FSLDIR