ImageJ自动批量多通道单细胞荧光测量

用ImageJ计算细胞荧光强度的时候，一般来说，所有的细胞核都有蓝色的hoechst荧光信号，但对于其他颜色的荧光，比如说红色荧光，就不一定了。比如有的细胞有红色荧光信号，有的细胞没有红色荧光信号。这时候，如果我们需要统计所有细胞的红色荧光，包括那些没有发出红色荧光的细胞的话，一个思路就是，用蓝色荧光来定位细胞，然后再测量相应位置的红色荧光图片的荧光强度。具体方法如下：

1. 将多通道的（即merge的）tif图片复制到同一个文件夹。
2. Process-> Batch-> Macro，弹出Macro窗口。
3. Input选多通道图片所在的文件夹，output空着就行
4. 将下面的代码复制到代码框，按process即可。

注：代码最下面有两处红色的字体， 其中“BLUE”表示用于定位细胞的荧光颜色是蓝色， “GREEN”表示测量荧光强度的颜色是绿色。这两个地方可以根据需要改为"RED", "GREEN", "BLUE"的任意一个。可以都填一样的。另外两个红色标注的数字则需要根据你的细胞图片进行调整，具体方法参见我的另一篇博客中的步骤1-4和步骤1-8。如果你想完全读懂代码，请参考这篇

ID=getTitle();

run("Duplicate...", " ");

ID1=getTitle();

ID2=ID+"2.tif"

selectWindow(ID1);//获得两张纯黑图用于合成单色多通道图

run("Select All");

run("Cut");

run("RGB Stack");

run("Stack to Images");

selectWindow("Red");

close();

selectWindow("Green");

rename("Black1");

selectWindow("Blue");

rename("Black2");

selectWindow(ID);//将多通道图转换为三张单通道图。

run("RGB Stack");

run("Stack to Images");

run("Merge Channels...", "c1=Red c2=Black2 c3=Black1 keep");//获得红色多通道图

selectWindow("RGB");

rename(ID);

RED=ID;

run("Merge Channels...", "c1=Black1 c2=Black2 c3=Blue keep");//获得蓝色多通道图

selectWindow("RGB");

rename(ID1);

BLUE=ID1;

run("Merge Channels...", "c1=Black1 c2=Green c3=Black2");//获得绿色多通道图

selectWindow("RGB");

rename(ID2);

GREEN=ID2;

selectWindow(BLUE);

run("Duplicate...", " ");

run("8-bit");

setThreshold(15, 255);

setOption("BlackBackground", false);

run("Convert to Mask");

run("Fill Holes");

run("Watershed");

run("Set Measurements...", "area mean min limit display redirect=&GREEN decimal=3");

run("Analyze Particles...", "size=0.02-Infinity display exclude include summarize record add in_situ");

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