ImageJ自动批量荧光面积统计

本方法只介绍批量处理方法，单张图片请在第3步后，点击select，按Ctrl+M即可。

将相类似的需要计算荧光面积的图片复制在同一个文件夹中。

用ImageJ打开其中一张图片，

1，Plugins → Macros → Record，弹出Recorder窗口（如下图）。接下来你的每一步操作均会以代码的形式记录在这个窗口。

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2，Image → Adjust → Color Threshold，弹出Threshold Color窗口（如下图）。

3，Color space选择HSB，Threshold color选Black，然后调节“Hue”,”Saturation”和“Brightness”三个参数，使得图片需要统计的部分被黑色覆盖。勾选所有的Pass，然后点最下面的“Macro”,这时，一大段代码将会在Recorder窗口中产生。

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3，复制代码，留下主程序，关闭其他所有窗口。

4，Process → Batch → Macro，弹出Batch Process窗口。Input选择图片所在文件夹，Output选择任意一个无用的文件夹即可，ImageJ会将处理过的图片存入Output选中的文件夹。Output Format选择PNG。然后将第3步复制的代码粘贴在最大的框中。

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5，在代码最后，加上4行：

run("Set Measurements...", "area mean min limit display redirect=None decimal=3");
setThreshold(129, 255);
setOption("BlackBackground", false);
run("Measure");

然后Process即可。

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