ImageJ自动批量多通道图片无损分离为单色荧光图

一共只需4步,ImageJ就可以将多通道的TIF图片中红绿蓝三色分开,并形成三张无损纯色荧光tif图片。

准备:

        在桌面上(必须是桌面)创建2个文件夹,分别为文件夹1和文件夹2。

        将需要拆分的多通道图片放入文件夹1中。可以放多张

        将文件夹2重命名为1CHANNEL

        (如果重命名为其他,则相应的需要将下面代码中所有的“1CHANNEL"改为为对应的名称。)

开始:打开ImageJ

  1. Process → Batch → Macro
  2. Input选择文件夹1
  3. Output空着。
  4. 将以下代码复制粘贴到代码框,按process即可。
ID=getTitle();
run("Duplicate...", " ");//复制一张图片
ID1=getTitle();
ID2=ID+"2.tif";
selectWindow(ID1);//选择刚刚复制的图片,并拆出2张黑色图片用于合成
run("Select All");
run("Cut");
run("RGB Stack");
run("Stack to Images");
selectWindow("Red");
close();
selectWindow("Green");
rename("Black1");
selectWindow("Blue");
rename("Black2");
selectWindow(ID);//选择原始图片,拆分通道。
run("RGB Stack");
run("Stack to Images");
path=getDirectory("home")+"Desktop"+File.separator+"1CHANNEL"+File.separator+ID;
run("Merge Channels...", "c1=Red c2=Black2 c3=Black1 keep");
selectWindow("RGB");
rename(ID);
saveAs("tiff", path);
path1=getDirectory("home")+"Desktop"+File.separator+"1CHANNEL"+File.separator+ID1;
run("Merge Channels...", "c1=Black1 c2=Black2 c3=Blue keep");
selectWindow("RGB");
rename(ID1);
saveAs("tiff", path1);
path2=getDirectory("home")+"Desktop"+File.separator+"1CHANNEL"+File.separator+ID2;
run("Merge Channels...", "c1=Black1 c2=Green c3=Black2");
selectWindow("RGB");
rename(ID2);
saveAs("tiff",path2);
selectWindow(ID);

详细步骤如下:(括号内为快捷键)

  1. 打开多通道TIF图片
  2. Image → Duplicate     (shift+D)
  3. Edit → Selection → Select All   (A)
  4. Edit → Cut (X)
  5. Image → Type → RGB stack
  6. Image → Stacks → Stacks to Images,生成三张纯黑的图
  7. Image → Rename,将刚刚生成的三张图更名为“Black1”,“Black2”,剩下的一张关掉
  8. 选中最开始的原图
  9. Image → Type → RGB stack
  10. Image → Stacks → Stacks to Images
  11. Image → Color → Merge Channels
  12. 重复三次11步,如下三幅图进行设置,即可获取三张纯色无损荧光图片。

    获得红色无损荧光图 

 

      获得绿色无损荧光图 

 

       获得蓝色无损荧光图

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ImageJ 是一种用于分析荧光显微镜图片的流行软件之一,以下是一些基本的步骤: 1. 打开图片:在 ImageJ 中,可以通过点击“文件”菜单中的“打开”选项来打开您的荧光显微镜图片。 2. 调整像:荧光显微镜图片通常需要进行亮度和对比度调整,以便更好地显示细节。您可以使用 ImageJ 中的“像”菜单中的“亮度/对比度”选项来调整亮度和对比度。 3. 标定尺度:如果您需要测量荧光显微镜图片中的物体尺寸,您需要先进行标定尺度。可以使用 ImageJ 中的“分析”菜单中的“设置标尺”选项来进行标尺。 4. 测量大小:使用 ImageJ 中的“分析”菜单中的“测量”选项可以进行尺寸测量。您可以使用“直线测量”工具或“面积测量”工具来测量物体的长度或面积。 5. 分割图片:如果您需要对荧光显微镜图片中的物体进行分割,您可以使用 ImageJ 中的“分析”菜单中的“阈值”选项来进行分割。您可以通过调整阈值来选择要分割的物体。 6. 分析荧光强度:荧光显微镜图片最重要的特征之一是荧光强度。您可以使用 ImageJ 中的“分析”菜单中的“荧光”选项来分析荧光强度。使用 ImageJ 中的“荧光测量”工具可以测量荧光强度。 7. 分析荧光共聚焦显微镜图片:如果您需要分析荧光共聚焦显微镜(confocal microscopy)图片,您可以使用 ImageJ 中的“像堆栈”菜单来处理堆栈像。您可以使用 ImageJ 中的“3D Viewer”插件来查看和分析 3D 像。 这些是使用 ImageJ 分析荧光显微镜图片的基本步骤。ImageJ 还提供了许多其他的分析工具和插件,您可以通过阅读 ImageJ 的文档和教程来了解更多详细信息。

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