一共只需4步,ImageJ就可以将多通道的TIF图片中红绿蓝三色分开,并形成三张无损纯色荧光tif图片。
准备:
在桌面上(必须是桌面)创建2个文件夹,分别为文件夹1和文件夹2。
将需要拆分的多通道图片放入文件夹1中。可以放多张。
将文件夹2重命名为1CHANNEL。
(如果重命名为其他,则相应的需要将下面代码中所有的“1CHANNEL"改为为对应的名称。)
开始:打开ImageJ
- Process → Batch → Macro
- Input选择文件夹1
- Output空着。
- 将以下代码复制粘贴到代码框,按process即可。
ID=getTitle();
run("Duplicate...", " ");//复制一张图片
ID1=getTitle();
ID2=ID+"2.tif";
selectWindow(ID1);//选择刚刚复制的图片,并拆出2张黑色图片用于合成
run("Select All");
run("Cut");
run("RGB Stack");
run("Stack to Images");
selectWindow("Red");
close();
selectWindow("Green");
rename("Black1");
selectWindow("Blue");
rename("Black2");
selectWindow(ID);//选择原始图片,拆分通道。
run("RGB Stack");
run("Stack to Images");
path=getDirectory("home")+"Desktop"+File.separator+"1CHANNEL"+File.separator+ID;
run("Merge Channels...", "c1=Red c2=Black2 c3=Black1 keep");
selectWindow("RGB");
rename(ID);
saveAs("tiff", path);
path1=getDirectory("home")+"Desktop"+File.separator+"1CHANNEL"+File.separator+ID1;
run("Merge Channels...", "c1=Black1 c2=Black2 c3=Blue keep");
selectWindow("RGB");
rename(ID1);
saveAs("tiff", path1);
path2=getDirectory("home")+"Desktop"+File.separator+"1CHANNEL"+File.separator+ID2;
run("Merge Channels...", "c1=Black1 c2=Green c3=Black2");
selectWindow("RGB");
rename(ID2);
saveAs("tiff",path2);
selectWindow(ID);
详细步骤如下:(括号内为快捷键)
- 打开多通道TIF图片
- Image → Duplicate (shift+D)
- Edit → Selection → Select All (A)
- Edit → Cut (X)
- Image → Type → RGB stack
- Image → Stacks → Stacks to Images,生成三张纯黑的图
- Image → Rename,将刚刚生成的三张图更名为“Black1”,“Black2”,剩下的一张关掉
- 选中最开始的原图
- Image → Type → RGB stack
- Image → Stacks → Stacks to Images
- Image → Color → Merge Channels
- 重复三次11步,如下三幅图进行设置,即可获取三张纯色无损荧光图片。
获得红色无损荧光图
获得绿色无损荧光图
获得蓝色无损荧光图
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