单细胞
可爱的一只帆
这个作者很懒,什么都没留下…
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tradeSeq | Slingshot下游 沿轨迹分析基因表达
Tradeseq是一个可以沿着轨迹分析基因表达的R包,也可以用来分析特定pathway沿轨迹的表达,具体方法见后续分享。出的图和上面类似,接下来可以筛选谱系间和谱系内都显著表达的基因,确定每个谱系特异表达的基因。2.拟合负二项式模型确定nknots。原创 2023-09-06 09:58:44 · 975 阅读 · 1 评论 -
Milo | 细胞分布差异
主要原理:先根据KNN方法进行细胞抽样,对抽样后的细胞用KNN找它的邻近细胞,图c里面每个圈代表一个抽样的细胞,圈的大小代表临近细胞数量的多少。细胞之间的连线代表这两个细胞共享多少个邻近细胞,线越粗共享的邻近细胞数量越大,之后检验每个细胞的邻近细胞中来源于不同实验条件的细胞数量是否存在显著差异。显著富集某个条件的细胞就会标那个条件的颜色,最后看在整体UMAP空间上,哪个区域集中有某个条件的颜色,说明这个区域的细胞就在那个条件富集,与那个条件相关。Milo是一个检测细胞分布在不同实验条件下差异的算法(原创 2023-07-12 12:18:20 · 974 阅读 · 2 评论 -
Seurat 4.3.0 | 数据集坐标映射
Seurat 4.3.0 | 单细胞数据集坐标映射原创 2023-03-20 11:03:15 · 362 阅读 · 0 评论