qq_43176678的博客

质量问题通常来源于测序本身或前面的文库制备。它们包括可信度低的碱基、序列特异性差的偏差、3’/5’位置偏差、聚合酶链反应（PCR）假象、未修剪的接头，以及序列污染。这些问题可能严重影响参考作图、组装及表达的估计，但这些问题很多可以通过过滤、修剪、纠错或偏差订正被矫正。有些问题不能被纠正，但在解释结果时至少应该意识到它们。读段的质量检查工具包括 FastQC 和 PRINSEQ，它们检查若干个质量指标，并提供可视化的报告。PRINSEQ软件包还提供过滤和修剪功能。FastQCFastQC可以