GO基本知识

GO的全称是Gene Ontology，中文意思是基因本体论。

GO是一个国际标准化的基因功能分类体系，提供了一套动态并可控的词汇表来全面描述生物体中基因和基因产物的属性，它由一组预先定义好的GO术语（GO term）组成，这组术语对基因产物的功能进行限定和描述。
GO terms是对基因的产物而不是基因本身进行描述，因为基因的产物有时候不止一种。

GO的工作大致可分为三个部分：第一，给予并维持语义（terms）；第二，将位于数据库当中的基因、基因产物与GO本体论语言当中的语义（terms）进行关联，形成网络；第三，开发相关工具，使本体论标准语言的产生和维持更为便捷。

GO知识库

GO terms

提供生物过程的逻辑结构与相关关系。不同GO terms之间的关系可以通过一个有向无环图来表示。

GO注释库（GO annotations）

主要为GO terms提供注释，即描述GO terms的功能。

GO term按照分类，一共三个ontology（本体），分别描述基因的分子功能（molecular function，MF）、细胞组分（cellular component，CC）、参与的生物过程（biological process，BP）。G这三个本体的含义如下所示：

1、细胞组成（cellular component，CC）：一般用来描述基因产物的发挥作用的位置，比如一个蛋白可能定位在细胞核中，也可能定位在核糖体中；

2、生物过程（biological process，BP）：描述的是指基因产物所联系的一个大的生物功能，或者说是它们要完成的一个大的生物目标，例如有丝分裂或嘌呤代谢；

3、分子功能（Molecular Function，MF）：主要是指基因产物分子所执行的任务，例如一个蛋白质可能一个转录因子或是一个载体蛋白。

GO关系的基础是is关系，如果我们说Aisa B，那么我们所表示的含义就是A节点是B节点的一个亚类（subtype）。

part of在GO中用于表示整体与部分的关系，如果B是A的必要组成部分，那么B存在的地方，A必定存在。但是，如果A存在，我们不能说B也存在。

GO分析思路

1、把差异基因与相应的GO terms对应
2、找到前景基因（差异基因）与背景基因
3、将对应起来的GO terms进行比较，也就是利用超几何检验，这些差异基因在某个通路中的比例是否要高于背景基因
4、绘图，即GO条形图

GO分析所需文件

1、注释文件
2、不同GO terms之间的关系文件
3、要研究的背景基因与前景基因文件（背景基因即自己所要研究物种的全部基因，前景基因即要研究的目的基因）
GO背景基因文件：就是所有的基因集，例如如果对照组和处理组所有的表达基因。如果你研究的物种是有参考基因组的模式物种，那么可以直接使用数据库上已有的参考基因作为背景基因文件，背景基因文件就是这个特种所有的基因对应的GO terms。
前景基因文件就是你要富集分析的基因集