介绍一种医学影像配准的方法（使用itk-snap)

我在批量进行配准的时候会使用自己编写的配准算法，这个算法也比较简单，使用simpleITK库进行辅助编写，但是经常会遇到配准效果比较差的情况。比如方向对不齐导致的断层，这个就需要使用软件来进行单个更正了，这里介绍一下itk-snap的配准用法：

首先，确定你想要配准到的模态，比如，你想将T1W的序列配准到T2W序列上，这样可以使用T2W的标注ROI。那你需要首先打开T2W作为fix_image，然后再打开T1W作为moving_image，注意顺序不能错，如下图：

1.打开T2W

 2.再拖入T1W, load as Additional image

 3.单击小控件（显示提示的那个控件），改变排列方式

 4. 点击tools，选择registration

 5.选择右边菜单栏的Munal控件，选择Match by ，选择image centers，可以用来对齐图像，这步很关键！！！如果方向还是没有对齐，可以在图像上转动那个罗盘样的标尺来改变方向进行对齐。

6.选择automatic，run registration，到这里配准基本走完了，但是想要看到配准效果还得继续，

离close控件最近的那三个控件的最后一个，单击一下它，选择OK 

7.保存配准后的图像，鼠标移到配准结果图像的右上角，会出现下拉按钮，点击会出现保存选项，点击保存即可！

 ok，配准完成！其实这个教程更适合使用视频来讲解，后面有时间再弄。这个用软件来配准的，会很耗时，需要手动一个个弄，但可以手动来调整方向和对齐，比较适合难搞的图像配准任务！