多序列比对---ClustalX比对GeneDoc美化

2、ClustalX进行多重序列比对

2.1 首先，打开ClustalX，依次在菜单栏选择“File”-“Load Sequences”导入我们的目的序列（fas格式）。

2.2 然后进行完全比对，依次选择“Alignment”-“Do Complete Alignment”

2.3 选择保存路径，点击“OK”。一般默认生成两个文件，分别是*.aln和*.dnd文件，可以用“记事本”打开。

• 由于*.aln和*.dnd这两个文件的可读性不是太好，因此我们需要将文件保存成*.msf文件绘制多重比对效果图。依次点击“File”-“Save Sequences as”，然后选择“GCG/MSF format”，将多重序列比对结果保存成msf文件。  

3. 利用GeneDoc对ClustalX的结果进行美化

GeneDoc是蛋白质和DNA序列同源比较的辅助软件，它不能对多个序列以某种算法进行自动比较，但是能对其他软件的比较结果进一步处理。如编辑和修改，用亮丽的色彩来区分相互间序列的同源性，并输出各种漂亮的图形格式。

GeneDoc下载地址：https://github.com/karlnicholas/GeneDoc。

3.1.导入

将之前ClustalX比对后保存的msf文件，依次选择“File”-“Open”，导入文件

3.2.美化设置

点击Project → Configure 弹出配置界面，这里可以对氨基酸的大小，每行氨基酸的个数、颜色以及显示模式等进行设置。

点击Project → Edit Sequences List，可以修改氨基酸序列的顺序或者修改序列名称。

如果发现基因ID无法完全显示，打开project的configure，右下角有一个“max 10”修改数字即可

3.3.导出

编辑好序列后，下面就是导出图片了。具体操作为：点击 Edit → Select Blocks for Copy，选择要导出的序列。

然后点一下序列，这样就选中了全部的序列，整个背景会变为黑色。

然后再点击 “Edit” -“Copy Select Blocks to”-“MetaFile”，等于已经将图片复制，然后打开电脑自带的画图或者PS，直接ctrl+V粘贴，然后保存图片即可。

参考链接：

https://jingyan.baidu.com/article/90808022869597bc91c80fd6.html

https://www.jianshu.com/p/f7efa9e1af35