营养缺陷型和原养型条件遗传网络揭示了大肠杆菌中转录因子的重新布线

〔七月初一〕〔2022-07-29〕〔晴   33℃〕〔CNGB   深圳 • 大鹏〕

█ 营养缺陷型和原养型条件遗传网络揭示了大肠杆菌中转录因子的重新布线

〉Paper Title 〉〉Auxotrophic and prototrophic conditional genetic networks reveal the rewiring of transcription factors in Escherichia coli;
〉文章题目 〉〉营养缺陷型和原养型条件遗传网络揭示了大肠杆菌中转录因子的重新布线
〉链接地址 〉〉https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC9283627/
〉Nature Communications ( IF 17.694 ) Pub Date : 2022-07-14 , DOI: 10.1038/s41467-022-31819-x
〉编号〉〉PaperTr-A001

---

█ 摘要

细菌转录因子 (TF) 在大肠杆菌中得到广泛研究。然而，在环境挑战期间，TF 机制潜在途径中的单个基因如何协同运作仍不清楚。在这里，我们通过应用无偏的、定量的合成遗传相互作用 (GI) 方法来解决这个问题，以测量在营养缺陷型（富培养基）和原养型（最小培养基）静态生长条件下大肠杆菌中所有 TF 基因之间的成对 GI 。由此产生的静态和差异 GI 网络揭示了条件依赖性 GI、TF 基因在代谢中的广泛变化以及未表征的 TF ( yjdC、yneJ、ydiP ) 的新作用) 作为细胞分裂、腐胺利用途径和冷休克适应的调节剂。泛细菌保守表明具有 GI 的 TF 基因在进化中是共同保守的。总之，我们的结果阐明了大肠杆菌转录因子的全球组织，以及环境变化下转录因子基因备份系统的重塑，这对于控制细菌转录调控回路至关重要。

关键词：上位性、细菌遗传学、细菌系统生物学

---

█ 引言

转录因子 (TF) 是细胞用来调节基因表达以响应环境刺激1的反式作用 DNA 结合元件。即使在已广泛研究 TF的模型细菌大肠杆菌中，估计的 304 个候选 TF 基因中有一半以上的调节机制仍不清楚2 , 3。在大肠杆菌中，14 个 TFs 作为全球调节器来调节众多生物过程3，而大多数其他 TFs 是专门生物过程的局部调节器。这些由位于目标顺式元件附近的基因编码，并由全局 TFs 4调节. DNA 结合位点已通过基于其表达水平、比较注释或通过序列比对5 – 7搜索保守序列区域对共同调节基因进行分组来阐明。诸如 DNA 酶足迹、染色质免疫沉淀 (ChIP) 与 DNA 微阵列 (ChIP-on-chip)、深度测序 (ChIP-seq) 或修饰的 ChIP-seq 与核酸外切酶 (ChIP-exo) 和 SELEX 芯片等方法已经揭示了 DNA-感兴趣的TF 的绑定配置文件2、8 – 13。来自不同条件的不同转录组学数据集的整合使得能够在大肠杆菌中构建转录调控网络147 TFs 通过环境扰动14预测差异基因表达。虽然这些方法提供了对大肠杆菌基因调控的深入了解，但 TF 机制的各个组件如何在功能上协调，以及在无压力（即静态）或环境窘迫（即差异）中的细菌 TF 在多大程度上影响 TF 之间的上位性仍然存在研究不足。因此，我们仍然缺乏缺乏功能注释的基因的上下文通路水平信息2。

在这里，我们应用我们的大肠杆菌合成遗传阵列 (eSGA) 方法15来询问营养缺陷型和原养型培养条件下大肠杆菌的 304 个 TF 之间的静态和差异遗传相互作用 (GI) 关系。由此产生的遗传数据的定量评分揭示了具有对细胞分裂、腐胺利用 (Puu) 途径和冷休克适应至关重要的新成分的条件特异性 GI。此外，我们显示相互作用的 TF 基因在细菌门中是共同保守的，这意味着细菌调控网络中的保守功能。