![](https://img-blog.csdnimg.cn/20201014180756927.png?x-oss-process=image/resize,m_fixed,h_64,w_64)
宏基因组
文章平均质量分 83
雪垆
如果有问题,请发邮件至2868582991@qq.com,私信可能看不到。Computer Science,DL,bioinformatics,Metagenome
展开
-
宏基因组从 cleanreads 注释抗生素抗性基因(ARGs),以ARGs-OAP v3 为例
.....1.sample_path.sh 得到样本文件夹绝对路径。样本文件夹中为双端文件。doecho $pathdone2.suffix.sh 构建软连接,替换文件后缀,存放在suffix文件夹中do")done3.args_oap.sh 生成每个样本的任务脚本do")done。原创 2023-08-15 16:25:27 · 820 阅读 · 0 评论 -
口腔微生物输入量的差异决定了与健康状况相关的两种微生物群肺炎类型
口腔和上呼吸道在解剖学和生理学上与下呼吸道和肺密切相关,口腔和上呼吸道微生物对肺微生物群的影响越来越被人们认识。然而,由于缺乏足够样本量的对照分析,口腔和上呼吸道微生物塑造肺微生物群的生态过程和个体异质性仍不清楚。在这里,对唾液、鼻腔、口咽区和支气管肺泡灌洗液样本的微生物群落进行了分析,并测量了多源微生物对肺微生物群的形成过程。发现口腔和鼻腔微生物输入通过占据不同的生态位共同塑造肺微生物群。还观察到口腔微生物向肺部的扩散是不均匀的,进入肺部的口腔微生物越多与肺功能下降和肺促炎细胞因子增加有关。.....原创 2022-08-31 15:03:35 · 1834 阅读 · 0 评论 -
Biosynthetic potential of the global ocean microbiome
天然微生物群落在系统发育和代谢上是多样化的。除了未充分探索的生物群外,这种多样性还包括对生态和生物技术相关的酶和生化化合物的丰富发现潜力。然而,研究这种多样性以确定合成此类化合物的基因组途径并将其分配给各自的宿主仍然具有挑战性。由于在全球范围内分析基因组解析数据的局限性,公海中微生物的生物合成潜力在很大程度上仍然未知。在这里,我们通过整合来自培养和单细胞的大约 10,000 个微生物基因组与来自 1,000 多个海水样本的 25,000 多个新重建的基因组草图,研究了海洋中生物合成基因簇的多样性和新颖性。.翻译 2022-08-29 17:01:30 · 175 阅读 · 0 评论 -
The human skin microbiome
作为人体与环境的外部界面,皮肤充当物理屏障,防止外来病原体入侵,同时为共生微生物群提供家园。皮肤的严酷物理环境,特别是干燥、营养不良、酸性环境,也导致病原体在人类皮肤定植时面临逆境。尽管如此,皮肤还是被多种微生物群定殖。在这篇综述中,我们描述了扩增子和鸟枪法宏基因组 DNA 测序研究,这些研究已用于评估与从界到菌株水平的皮肤相关的微生物的分类多样性。我们讨论了对皮肤微生物群落的最新见解,包括它们在健康和疾病中的组成、物种之间的动态以及与免疫系统的相互作用,痤疮丙酸杆菌、表皮葡萄球菌和金黄色葡萄球菌。...翻译 2022-08-22 17:39:35 · 121 阅读 · 0 评论 -
大数据集 Single SparCC 测试
〔五月初八|芒种|壬寅虎年 丙午月 庚寅日〕〔阴 30-24℃〕〔CNGB 深圳 • 大鹏〕〉Paper Title 〉〉A randomized controlled trial for response of microbiome network to exercise and diet intervention in patients with nonalcoholic fatty liver disease〉文章题目 〉〉一项关于微生物组网络对非酒精性脂肪肝患者运动和饮食干预反应的随机对照原创 2022-06-06 11:25:34 · 207 阅读 · 0 评论 -
刚出生的 Ubuntu 趁热安装 Anaconda3,配置metapi
刚出生的 Ubuntu 趁热安装 Anaconda3,配置metapi2022-05-25之前的服务器到期了,呜呜呜。所以把腾讯云上海的轻量服务器从 win 重装成了 Ubuntu 18,一张白纸,啥也没有,为了跑宏基因组分析,先装一个Anaconda3。下载&安装 Anaconda3下载 Anaconda3先建一个路径,然后下载 Anaconda3,以轻量服务器的带宽大概几分钟。wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/a原创 2022-05-25 12:51:32 · 260 阅读 · 0 评论