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雪垆
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微生物差异丰度分析方法的综合评价:现状及潜在解决方案
差异丰度分析(DAA)是微生物群数据分析中的一项核心统计任务。一个强大的DAA工具可以帮助确定高度自信的候选微生物,以进行进一步的生物学验证。过去十年中,针对微生物群数据的特殊特征(如零膨胀和组成效应),提出了许多DAA工具。令人不安的是,不同的DAA工具有时可能会产生非常不一致的结果,从而有可能选择支持自己假设的工具。为了向实地推荐最佳DAA工具或做法,迫切需要进行全面评估,涵盖尽可能多的生物学相关情景。原创 2022-09-05 14:44:19 · 2719 阅读 · 0 评论 -
营养缺陷型和原养型条件遗传网络揭示了大肠杆菌中转录因子的重新布线
细菌转录因子 (TF) 在大肠杆菌中得到广泛研究。然而,在环境挑战期间,TF 机制潜在途径中的单个基因如何协同运作仍不清楚。在这里,我们通过应用无偏的、定量的合成遗传相互作用 (GI) 方法来解决这个问题,以测量在营养缺陷型(富培养基)和原养型(最小培养基)静态生长条件下大肠杆菌中所有 TF 基因之间的成对 GI。......原创 2022-08-31 14:14:56 · 173 阅读 · 0 评论 -
Biosynthetic potential of the global ocean microbiome
天然微生物群落在系统发育和代谢上是多样化的。除了未充分探索的生物群外,这种多样性还包括对生态和生物技术相关的酶和生化化合物的丰富发现潜力。然而,研究这种多样性以确定合成此类化合物的基因组途径并将其分配给各自的宿主仍然具有挑战性。由于在全球范围内分析基因组解析数据的局限性,公海中微生物的生物合成潜力在很大程度上仍然未知。在这里,我们通过整合来自培养和单细胞的大约 10,000 个微生物基因组与来自 1,000 多个海水样本的 25,000 多个新重建的基因组草图,研究了海洋中生物合成基因簇的多样性和新颖性。.翻译 2022-08-29 17:01:30 · 186 阅读 · 0 评论 -
The human skin microbiome
作为人体与环境的外部界面,皮肤充当物理屏障,防止外来病原体入侵,同时为共生微生物群提供家园。皮肤的严酷物理环境,特别是干燥、营养不良、酸性环境,也导致病原体在人类皮肤定植时面临逆境。尽管如此,皮肤还是被多种微生物群定殖。在这篇综述中,我们描述了扩增子和鸟枪法宏基因组 DNA 测序研究,这些研究已用于评估与从界到菌株水平的皮肤相关的微生物的分类多样性。我们讨论了对皮肤微生物群落的最新见解,包括它们在健康和疾病中的组成、物种之间的动态以及与免疫系统的相互作用,痤疮丙酸杆菌、表皮葡萄球菌和金黄色葡萄球菌。...翻译 2022-08-22 17:39:35 · 141 阅读 · 0 评论 -
利用多组学整合鉴定人类疾病共享的和疾病特异性的宿主基因-微生物组关联
利用多组学整合鉴定人类疾病共有和疾病特异性宿主基因-微生物组关联2022-05-23 本文系谷歌翻译,by小侯原文:Identification of shared and disease-specific host gene–microbiome associations across human diseases using multi-omic integration网址:https://www.nature.com/articles/s41564-022-01121-z文章目录利用多组学整原创 2022-05-23 13:45:26 · 2650 阅读 · 0 评论