Gene Ontology overview 网页手动翻译

日志： 玩了一年多了，有点无聊，该干活了… 用谷歌直接翻译网页真的好多错误还不通顺，也不符合原来的逻辑，关键词都翻译地不对，怎么能正确理解呢，强迫症就自己翻译一下，不太懂的就查查资料，准确率应该还可以。

原网址： http://geneontology.org/docs/ontology-documentation/

Gene Ontology overview 基因功能分类体系概述

Ontology 是给定领域内知识体系的正式表示。
Ontology 通常由一系列class（类）和它们之间的关系构成。
The Gene Ontology（GO）从以下三个方面描述了生物领域的知识：

1. Molecular Function 分子功能

​ 分子功能是由基因产物执行的分子水平的活动。（基因产物是基因表达过程中形成的RNA或蛋白质。基因表达产物的多少常用来衡量一个基因的表达活性，如果 一个基因的表达产物异常减少的话，这种基 因产物的数量异常往往预示着疾病基因的存在。）

​ “分子功能”这个术语描述了在分子水平发生的活动，例如“catalysis（催化）“或”tranport（运输）”。GO分子功能中的术语代表的是发生的活动而非执行活动的实体（比如分子或复合物），并且不会具体制定该活动发生的时间、位置和背景。

​ 分子功能通常对应于单个基因产物（即一个RNA或蛋白质）可以进行的活动，但是也有些活动是由分子复合物（多个基因产物组成）执行的。广义的功能术语例如催化活性和运输活动，狭义的功能术语例如腺苷酸环化酶活性或Toll样受体结合。

​ 为了避免基因产物的名字和其功能名字之间的混淆，GO在分子功能的名字后面通常都加一个后缀“activity"。（举例：a protein kinase would have the GO molecular function protein kinase activity. 蛋白激酶具有GO分子功能——蛋白激酶活性。）

2. Cellular Component 细胞组件

​ 细胞组件是指基因产物在细胞结构中发挥功能的位置。要么是细胞区室（如线粒体），要么是稳定的大分子复合物（比如核糖体），它是细胞区室的一部分（如线粒体中就有核糖体）。

​ 不像GO的其它方面，细胞组件类代表的不是过程，而是一个细胞的剖分。

3. Biological Process 生物过程

​ 是指由多个分子活动完成的更大的过程，或称为“生物过程”。最常见的生物过程的例子是DNA修复或信号传递。更具体的术语例子是嘧啶核碱基生物合成过程和葡萄糖跨膜转运。

​ 注意一个生物过程并不等同于一个pathway（这里我理解的是一个准确的生物活动表示），目前，GO并没有尝试去表示充分描述一个pathway所需的作用方式和依赖。

​ 在一个GO注释的例子中，一种基因产物“细胞色素c”可以描述为：分子功能——氧化还原酶活性、生物过程——氧化磷酸化生物过程、细胞组件——细胞成分线粒体基质。

​ GO 词汇被设计为与物种无关，其术语适用于原核生物、真核生物、单细胞和多细胞生物。

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GO类

GO类由定义、标签、唯一的标识和一些其他元素构成。（详细的内容链接http://geneontology.org/docs/GO-term-elements）

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GO图

​ GO的结构可以用图来描述。在其中，每个GO术语是一个节点，节点之间的边代表了术语之间的关系。GO图具有不严格的层次结构，孩子节点比它们的父节点更加细化，与严格的层次结构不同的是，GO图中的一个节点可能拥有多个父节点（但是，父子关系并不适用于所有类型的关系）。

​ 例如，生物过程 “ hexose biosynthetic process 己糖生物合成过程 ” 有两个父节点—— “ hexose metabolic process 己糖代谢过程 ” 和 “ monosaccharide biosynthetic process 单糖生物合成过程 ”。这反映了：生物合成过程是代谢过程的一个子类，己糖是单糖的一个子类。